它想强迫我升级一系列seurat相关的单细胞R包
之前写的很多单细胞笔记都是基于V4版本的Seurat系列包，其中
SeuratData是 R 语言中 Seurat 包提供的一个数据包，旨在为使用 Seurat 进行单细胞RNA测序分析的用户提供方便的测试数据。Seurat 是一款用于单细胞转录组学分析的强大工具，而SeuratData数据包则包含了一些用于练习和演示的标准数据集，帮助用户学习和熟悉 Seurat 的使用。
SeuratData 可以用于教学和演示目的。在学习 Seurat 的时候，用户可以使用这些数据集来尝试不同的分析步骤，了解 Seurat 包的各种功能。比如我们经常使用的是pbmc3k这个数据集：
# install.packages('devtools')
# devtools::install_github('satijalab/seurat-data')
library(SeuratData) #加载seurat数据集
getOption('timeout')
options(timeout=10000)
# InstallData("pbmc3k")
data("pbmc3k")
但是最近发现自己的一个电脑里面是没有SeuratData ，就需要安装它，如下所示，就发现了它想强迫我升级一系列seurat相关的单细胞R包：
> devtools::install_github('satijalab/seurat-data')
Downloading GitHub repo satijalab/seurat-data@HEAD
These packages have more recent versions available.
It is recommended to update all of them.
Which would you like to update?
1: All
2: CRAN packages only
3: None
4: rlang (1.1.1 -> 1.1.2 ) [CRAN]
5: dotCall64 (1.0-2 -> 1.1-1 ) [CRAN]
6: RcppEigen (0.3.3.9.3 -> 0.3.3.9.4) [CRAN]
7: lifecycle (1.0.3 -> 1.0.4 ) [CRAN]
8: spam (2.9-1 -> 2.10-0 ) [CRAN]
9: sp (2.0-0 -> 2.1-2 ) [CRAN]
10: SeuratObject (4.1.3 -> 5.0.1 ) [CRAN]
虽然说我这个时候选择了3，默认不要升级如何东西！但是很明显它也不会让我得逞：
Omitted ‘LazyData’ from DESCRIPTION
─ building ‘SeuratData_0.2.2.9001.tar.gz’
* installing *source* package ‘SeuratData’ ...
** using staged installation
** R
** exec
** inst
** byte-compile and prepare package for lazy loading
Error in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]) :
namespace ‘SeuratObject’ 4.1.3 is already loaded, but >= 5.0.0 is required
Calls: <Anonymous> ... namespaceImportFrom -> asNamespace -> loadNamespace
Execution halted
ERROR: lazy loading failed for package ‘SeuratData’
我机智地放弃了，我现在电脑里面的SeuratObject_4和Seurat_4搭配的非常，并不想被破坏！哪怕是没办法使用他们的SeuratData ，该放弃就放弃！
[1] uwot_0.1.16 Matrix_1.6-1.1 biomaRt_2.56.1
[4] igraph_1.5.1 umap_0.2.10.0 tibble_3.2.1
[7] dplyr_1.1.3 RColorBrewer_1.1-3 pheatmap_1.0.12
[10] ggpubr_0.6.0 ggplot2_3.4.3 SeuratObject_4.1.3
[13] Seurat_4.3.0.1 viper_1.34.0 Biobase_2.60.0
[16] BiocGenerics_0.46.0
再说了，这个SeuratData ，本来就是外网链接很难下载成功，详见：听说你无法下载SeuratData的单细胞示例数据。如果是下载成功会得到接近 4G的文件 ：
ls -lh |cut -d" " -f7-
100M Aug 24 12:09 bmcite.SeuratData_0.3.0.tar.gz
411M Aug 24 12:15 bonemarrowref.SeuratData_1.0.0.tar.gz
72M Aug 24 12:16 cbmc.SeuratData_3.1.4.tar.gz
9.5M Aug 24 12:17 celegans.embryo.SeuratData_0.1.0.tar.gz
725M Aug 24 12:29 fetusref.SeuratData_1.0.0.tar.gz
80M Aug 24 12:30 hcabm40k.SeuratData_3.0.0.tar.gz
37M Aug 24 12:33 humancortexref.SeuratData_1.0.0.tar.gz
394M Aug 24 12:36 ifnb.SeuratData_3.1.0.tar.gz
126M Aug 24 12:39 kidneyref.SeuratData_1.0.1.tar.gz
833M Aug 24 12:48 lungref.SeuratData_2.0.0.tar.gz
54M Aug 24 12:49 mousecortexref.SeuratData_1.0.0.tar.gz
117M Aug 24 12:50 panc8.SeuratData_3.0.2.tar.gz
47M Aug 24 12:53 pancreasref.SeuratData_1.0.0.tar.gz
267M Aug 24 12:56 pbmcMultiome.SeuratData_0.1.3.tar.gz
73M Aug 24 13:37 pbmcref.SeuratData_1.0.0.tar.gz
56M Aug 24 13:38 pbmcsca.SeuratData_3.0.0.tar.gz
43M Aug 24 13:40 ssHippo.SeuratData_3.1.4.tar.gz
105M Aug 24 13:43 stxBrain.SeuratData_0.1.1.tar.gz
15M Aug 24 13:48 stxKidney.SeuratData_0.1.0.tar.gz
122M Aug 24 13:50 thp1.eccite.SeuratData_3.1.5.tar.gz
因为文件比较大， 面给大家百度云网盘链接哈，
链接: https://pan.baidu.com/s/10Oy1q998Ou5V34lEn5bCcA?pwd=pjq7 提取码: pjq7
当然了，你也可以自己根据上面的网页链接地址去进行下载，务必保证下载是完整的哦。有了这些压缩包文件，使用 前面的 install.packages 函数指定各个包文件路径，然后加上 type = "source", 就可以本地安装了，无需重新在线下载啦 ：
install.packages(pkgs = pkgs, repos = getOption(x = "SeuratData.repo.use"),
type = "source", ...)
