最新Demo||百创S3000空间转录芯片Demo数据

1百创S3000空间转录芯片Demo数据

物种信息：小鼠胚胎 测序策略：Illumina PE150 分析软件：BSTMatrix（下载链接：http://www.bmkmanu.com/portfolio/tools ） 参考基因组版本：GRCm38_release95 Demo数据下载链接：点击下方“阅读原文”获取

详细见Demo数据中网页版结题报告

三片合一实现细胞分割-聚类图

局部聚类注释

根据得到的单细胞分割结果，对数据部分特征性的cluster进行了注释，脑区中注释得到了包括：可分化为神经元和星形胶质细胞的少突胶质祖细胞，参与血脑屏障的周细胞，少突胶质细胞，星形细胞，中间神经元，三叉神经细胞，在胚胎发育和出生后生活的不同时期，发育大脑皮层边缘区/I层和未成熟海马体中的形态和分子上不同的产生细胞类型的Cajal Retzius细胞，内皮细胞，Ependymal细胞，神经干细胞/前体细胞，小胶质细胞，成纤维细胞，神秘的松果体细胞，光感受细胞，脉络丛细胞。

细微的表皮结构中，注释出了角（角质）蛋白细胞， 角质形成细胞，肌上皮细胞，上皮细胞 。注释出了免疫相关的巨噬细胞，小胶质细胞，中性白细胞，肥大细胞，在眼部注释出了软骨细胞，退行性视网膜疾病（degenerative retinal disease）的患者恢复视力相关的米勒胶质细胞（Müller cell）

以上，是在全局聚类的情况下进行的注释分析，但是研究中我们最好是能分器官，分组织，分区域去更详细的去做分析，通过我们圈画出脑部区域以及眼部区域的结果来看，空间区分化分析是有必要的，局部脑区分为了28类Cluster，

眼部局部区分为了18类Cluster。这为更好的进行亚细胞类型的区分及精细化的研究提供了重要的支撑。

2百创S3000空间转录芯片

百创空间转录组以原片无错高清H&E+原片无错荧光+原片测序，“三片合一”实现精准的细胞分割，将空间转录组推进到单细胞分辨率的领域。

本着持续创新，深耕时空领域的决心，又经过潜心研发，百创智造于2024年3月27日在山东青岛正式发布了百创S3000空间转录组芯片，让空间组学的性能再进一步。

百创S3000在6.8mm*6.8mm 的捕获区域内铺设了4,144,770个捕获位点，相邻两个捕获位点的中心距为3.5μm。

相较于现在广受市场认可与好评的百创S1000转录组芯片，捕获位点数提升近2倍，分辨率同样提升近2倍

在相同的测序饱和度下，**单细胞级别分辨率下中位UMI提升了30%~70%，中位基因数提升30%-60%**。