Day6-Linux下软件安装
原创
conda：Linux的App store
下载
下载conda的精华版-miniconda
- 进入minconda的镜像网站（清华）
- 安装64位/32位的最新版本
- cd 到自己目录，使用weget下载
安装
- 直接运行代码安装
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
看到Thank you基本安装成功
-最后激活一下source ~/.bashrc
配置镜像
安装软件之间爸镜像配置好，可以加快下载速度：
# 使用北外的镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes使用
#查看安装的所有软件
conda list
#安装
conda install fastqc -y
conda install fastqc=0.11.7 -y #指定版本号
安装完成后利用-help测试
环境管理不同项目所需呃软件
如果处理不同项目可能用到软件的不同版本，我们就可以创建不同的“conda environment”
#查看当前环境
conda info --envs #(前面带*的就是当前激活的)
#创建名为rna-seq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic：
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
#查看环境
conda info --envs
#激活新环境
conda activate rna-seq
#退出当前环境
conda deactivate
原创声明：本文系作者授权腾讯云开发者社区发表，未经许可，不得转载。
如有侵权，请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。
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