Day3-橙子

原创

用户11110663

发布于 2024-05-16 09:07:09

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发布于 2024-05-16 09:07:09

今日内容：linux环境下的软件安装

今日内容均总结自花花老师、豆豆老师生信星球学习小组

了解conda

linux的应用商店

下载conda

日常使用miniconda就够了

where：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/

下载到服务器上

cd biosoft #进入软件目录
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #下载脚本

Windows：选中，鼠标左键点一下是复制，右键点一下是粘贴

安装conda

先安装后激活

安装

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

相当于windows安装包双击

按q跳过版权信息；问题yes

安装成功的标志：“Thank you for installing Miniconda3 ！”

激活

source ~/.bashrc #激活conda的代码,注意空格

conda #出现满屏的信息说明成功了

报错

可能原因：空格按太快了，跳过了一些信息

解决方法：删除文件夹miniconda，从安装miniconda开始重来一次

配置conda镜像

使用北外的镜像

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

使用miniconda

查看软件

conda list 查看当前服务器上安装的所有软件

安装软件

conda install fastqc -y   #-y是yes，安装过程中conda问的问题全部回答yes
conda install fastqc=0.11.7 -y  #默认安装最新版本，但是有的软件新版本有bug，可能需要用到老版本，要指定版本号

确认fastqc软件是否安装成功

fastqc --help #出现一大片文字：帮助文档，说明安装成功

小环境

conda info --envs #(前面带*的就是当前激活的)  ##查看当前conda有哪些环境
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y ##先建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic
conda info --envs  ##再次查看conda环境 #默认还是base
conda activate rna-seq ##激活新的conda环境
conda deactivate ##退出当前环境