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简说基因

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21天精通单细胞数据分析Day01: 单细胞测序简介 (内附 62 页精美 PPT)
从今天开始,用 21 天精通单细胞数据分析。我们将理论联系实际,边学边练,本文先从理论开始。
简说基因
2024-05-30
1620
新参考基因组:牛(bosTau5)
一头雌性赫里福德奶牛的基因组于2009年发表。[1][2] 它是由牛基因组测序和分析联盟(Bovine Genome Sequencing and Analysis Consortium)测序的,该联盟是由美国国立卫生研究院(National Institutes of Health)和美国农业部领导的一个研究小组。[2][3] 这是改善牲畜繁殖的努力的一部分,当时是有史以来最大的基因组测序之一。[3][4]
简说基因
2024-05-30
870
经典教程:全转录数据分析实战
本文介绍全转录组数据分析方法,我们将以拟南芥测序数据为例,在 UseGalaxy.cn 云平台进行数据分析实践。
简说基因
2024-04-03
1200
一文读懂scRNA-seq数据分析(建议收藏)
当我们进行单细胞数据分析时,应该始终从质量控制步骤开始,首先清理数据,以确保数据足以回答研究的问题。在此步骤之后,通常会继续进行定位(比对)或基因组组装步骤,具体取决于是否有参考基因组可供使用。
简说基因
2024-03-22
1490
GATK最佳实践变异检测过程中的GVCF和VCF
在GATK最佳实践检测变异过程当中,当我们在调用 HaplotypeCaller 时,可以选择输出 GVCF 文件,或者 VCF 文件,这两者有什么区别呢?
简说基因
2024-03-12
5360
文本处理三驾马车之Galaxy版awk
Galaxy 平台(UseGalaxy.cn)也整合了awk 工具,可以方便地对表格数据进行报表生成。
简说基因
2024-03-01
730
Galaxy基础教程:从列表集合中提取元素标识符
Extract element identifiers of a list collection (Galaxy Version 0.0.2)
简说基因
2024-03-01
880
Galaxy基础教程:将Paired List 变成普通 List
工具:Flatten collection (Galaxy Version 1.0.0)
简说基因
2024-03-01
770
文本处理三驾马车之 grep
简说基因
2024-03-01
670
肿瘤生信科研:绘制突变景观图(mutation landscape)
肿瘤生信科研经常会画突变的景观图,或者叫瀑布图,用 maftools 包可以实现简单的 Landscape 图,但是当图形比较复杂时,maftools 就不能胜任了,可以用 ComplexHeatmap 包来画。
简说基因
2024-03-01
2000
文本处理三驾马车之 sed
简说基因
2024-03-01
790
文本处理三驾马车之 awk
Awk 是一个强大的文本分析工具,它每次读入一条记录,并把每条记录切分成字段后进行分析。Awk 官方文档是非常好的学习材料,通过man awk查看。
简说基因
2024-02-23
1280
Python在生物信息学中的应用:序列化Python对象
我们需要将Python对象序列化为字节流,这样就可以将其保存到文件中、存储到数据库中或者通过网络连接进行传输。
简说基因
2024-02-21
1660
Python在生物信息学中的应用:文件不存在才能写入
这个问题可以通过 open() 函数中鲜为人知的 x 模式替代常见的 w 模式来解决。例如:
简说基因
2024-02-21
830
Python在生物信息学中的应用:字典推导式
可以利用字典推导式(dictionary compehension)轻松解决。例如:
简说基因
2024-02-21
650
Python在生物信息学中的应用:让你的程序运行得更快
程序优化的第一准则是“不要优化”,第二准则是“不要优化那些不重要的部分”。基于这两个原则,如果你的程序运行得很慢,你得先找出影响性能的问题所在。
简说基因
2024-02-21
880
Python在生物信息学中的应用:捕获所有异常
除了 SystemExit、KeyboardInterrupt 和 GeneratorExit 之外,上述代码能够捕获所有的异常。如果还想要捕获这三个异常,将 Exception 改为 BaseException 即可。
简说基因
2024-02-21
670
Python在生物信息学中的应用:在字节串上执行文本操作
如何在字节串(Byte String)上执行常见的文本操作(例如,拆分、搜索和替换)。
简说基因
2024-02-21
760
Python在生物信息学中的应用:同时对数据做转换和换算
我们需要调用一个换算(reduction)函数,例如 sum()、min()、max()等,但首先得对数据做转换或筛选。
简说基因
2024-02-21
880
Python在生物信息学中的应用:列表推导式
列表推导式的使用需要注意其内存占用,当原始列表比较大时,其内存占用较高,可以使用生成器表达式通过迭代的方式产生筛选结果:
简说基因
2024-02-21
990
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