前言
Python因轻简易用,并且擅长计算数据,渐渐走入了生物信息的大圈子,但用好却不易学,其中比较头疼的就是包管理和Python不同版本的问题,特别是当你使用Windows的时候。你需要先cmd到命令行,再进行包的安装,并且当你安装一个新包的时候python不会自动安装此包所需要的其他包文件.简直让人浑身难受.并且刚开始学习python的小伙伴还会感到IDE不好用.所以在此,我们推荐一款专门为python科学计算发行的版本―anaconda.其优点首先是这个发行版将python和许多常用的package打包,方便pythoners直接使用.并且其具有强大而方便的包管理与环境管理的功能。
1Anaconda概述
Anaconda是一个用于科学计算的Python发行版,支持 Linux, Mac, Windows系统,提供了包管理与环境管理的功能,可以很方便地解决多版本python并存、切换以及各种第三方包安装问题。Anaconda利用工具/命令conda来进行package和environment的管理,并且已经包含了Python和相关的配套工具。
特别注意:普通安装包使用的是pip install 而anaconda使用的是conda install。
特别注意2:anaconda允许切换各种类型python版本.十分方便用户。
1Anaconda的安装
Anaconda的下载页参见官网下载,Linux、Mac、Windows均支持。
下载后直接按照说明安装即可。对于linux的用户这里想提醒一点:尽量按照Anaconda默认的行为安装——不使用root权限,仅为个人安装,安装目录设置在个人主目录下.这样的好处是,同一台机器上的不同用户完全可以安装、配置自己的Anaconda,不会互相影响。(另外一个问题就是,通常普通用户无法获取root用户权限,但是安装在自己的路径下还是可以的.之后只需要将其加入自己的配置文件就行了。
echo'exportPATH="~/anaconda/bin:$PATH"'>>~/.bashrc在配置文件bashrc中加入anaconda,注意anaconda的路径书写,以及别忘了改完了之后source一下source~/.bashrc)
bashrc:这个文件主要保存个人的一些个性化设置。一般是这样的:
1Anaconda的使用
windows下的anaconda直接按照建议的安装就行.(中间需要加path的加path).之后就可以直接打开windows下的anaconda.进入后,可以通过左面上的anaconda程序进入.
另外需要说明的是:已经开始使用python的同学,并且习惯用pycharm的可以直接用pycharm运行anaconda下的python就行了。具体如图:
1Anaconda的包安装
进入cmd然后可以输入以下查看你的包(当然你也可以通过桌面上的主程序,直接查看包环境)
condalist
列出所有的已安装的packages
condainstall name
name是需要安装packages的名字,比如,我安装numpy包,输入上面的命令就是:
condainstall numpy
本文来自企鹅号 - 计算表观遗传学媒体
如有侵权,请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。
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