python学习推荐：anaconda

前言

Python因轻简易用,并且擅长计算数据,渐渐走入了生物信息的大圈子,但用好却不易学,其中比较头疼的就是包管理和Python不同版本的问题,特别是当你使用Windows的时候｡你需要先cmd到命令行,再进行包的安装,并且当你安装一个新包的时候python不会自动安装此包所需要的其他包文件.简直让人浑身难受.并且刚开始学习python的小伙伴还会感到IDE不好用.所以在此,我们推荐一款专门为python科学计算发行的版本―anaconda.其优点首先是这个发行版将python和许多常用的package打包,方便pythoners直接使用.并且其具有强大而方便的包管理与环境管理的功能｡

1Anaconda概述

Anaconda是一个用于科学计算的Python发行版,支持 Linux, Mac, Windows系统,提供了包管理与环境管理的功能,可以很方便地解决多版本python并存､切换以及各种第三方包安装问题｡Anaconda利用工具/命令conda来进行package和environment的管理,并且已经包含了Python和相关的配套工具｡

特别注意:普通安装包使用的是pip install 而anaconda使用的是conda install。

特别注意2:anaconda允许切换各种类型python版本.十分方便用户。

1Anaconda的安装

Anaconda的下载页参见官网下载,Linux､Mac､Windows均支持｡

下载后直接按照说明安装即可｡对于linux的用户这里想提醒一点:尽量按照Anaconda默认的行为安装——不使用root权限,仅为个人安装,安装目录设置在个人主目录下.这样的好处是,同一台机器上的不同用户完全可以安装､配置自己的Anaconda,不会互相影响｡(另外一个问题就是,通常普通用户无法获取root用户权限,但是安装在自己的路径下还是可以的.之后只需要将其加入自己的配置文件就行了。

echo'exportPATH="~/anaconda/bin:$PATH"'>>~/.bashrc在配置文件bashrc中加入anaconda,注意anaconda的路径书写,以及别忘了改完了之后source一下source~/.bashrc)

bashrc:这个文件主要保存个人的一些个性化设置｡一般是这样的:

1Anaconda的使用

windows下的anaconda直接按照建议的安装就行.(中间需要加path的加path).之后就可以直接打开windows下的anaconda.进入后,可以通过左面上的anaconda程序进入.

另外需要说明的是:已经开始使用python的同学,并且习惯用pycharm的可以直接用pycharm运行anaconda下的python就行了｡具体如图:

1Anaconda的包安装

进入cmd然后可以输入以下查看你的包(当然你也可以通过桌面上的主程序,直接查看包环境)

condalist

列出所有的已安装的packages

condainstall name

name是需要安装packages的名字,比如,我安装numpy包,输入上面的命令就是:

condainstall numpy