Linux学习-文件列太多，很难识别想要的信息在哪列；别焦急，看这里。
Linux学习-文件列太多，很难识别想要的信息在哪列；别焦急，看这里。
经常会碰到列数特别多的文件，而屏幕又不足以放下这么多列；即便能放下，也不容易清晰的辨别出想提取的信息在第几列。
根据我们前面的学习，可以用一行命令或简单的写一个bash脚本来处理这个问题。
命令如下，命令的解释见 Linux学习-文件排序和FASTA文件操作。
```bash
ct@ehbio:~$ vim test
ct@ehbio:~$ cat test
sample A B C D E F G H
ID1 1 2 3 4 5 6 7 8
ID2 1 2 3 4 5 6 7 8
ID3 1 2 3 4 5 6 7 8
ct@ehbio:~$ sed -n '1 s/\t/\n/g; 1p' test
sample
A
B
C
D
E
F
G
H
ct@ehbio:~$ sed -n '1 s/\t/\n/g; 1p' test | sed '=' | sed 'N;s/\n/\t/'
1 sample
2 A
3 B
4 C
5 D
6 E
7 F
8 G
9 H
```
完整脚本 `checkCol.sh` （查看如何像运行一个系统命令一样运行脚本： Linux学习-环境变量和可执行属性）。
```bash
#!/bin/bash
#set -x
set -e
#set -u
usage()
{
cat <<EOF
${txtcyn}
Usage:
$0 options${txtrst}
${bldblu}Function${txtrst}:
This script is used to check the number of columns in given line and
will output the column number before each column item.
${txtbld}OPTIONS${txtrst}:
-f Data file (- represents STDIN)${bldred}[NECESSARY]${txtrst}
-l lineNumber[${txtred}Default 1 meaning the first line${txtrst}]
EOF
}
file=
lineno=1
while getopts "hf:l:" OPTION
do
case $OPTION in
h)
usage
exit 1
;;
f)
file=$OPTARG
;;
l)
lineno=$OPTARG
;;
?)
usage
exit 1
;;
esac
done
if [ -z $file ]; then
usage
exit 1
fi
if read -t 0; then
sed -n "${lineno} s/\t/\n/g; ${lineno}p" | \
sed '=' | sed 'N;s/\n/\t/'
else
sed -n "${lineno} s/\t/\n/g; ${lineno}p" ${file} | \
sed '=' | sed 'N;s/\n/\t/'
fi
```
脚本使用
```
ct@ehbio:~$ checkCol.sh -f test
1 sample
2 A
3 B
4 C
5 D
6 E
7 F
8 G
9 H
ct@ehbio:~$ checkCol.sh -f test -l 2
1 ID1
2 1
3 2
4 3
5 4
6 5
7 6
8 7
9 8
```