还在为不会分析大数据发愁吗? 还在为无法查询和比较发表文章中感兴趣基因表达值抱怨吗?
使用genevestigator,高效利用已经有研究结果,轻松与同行研究结果比较!!!
“基因研究员”,帮助研究者对已经发表的公共数据进行查询、比较和可视化呈现。 主页: https://genevestigator.com/ 先在线注册一个帐号,注册时会选择Data Preference: 分 biomedical 生物医学偏动物和医学或plant biology植物,我主做植物选择了plant biology,一定要使用学校和科研单位学术邮箱可以免费使用基础版,每次查询4个基因;否则需 要付费才可以使用。注册完成需要进邮箱点激活链接才能使用。 先下载软件,安装,运行,需要使用刚才申请的帐号和密码才能进入软件主界面。
在左侧上部Quick Search栏输入’At3g29430’,点击Search按扭,瞬间返回了10615个查询结果,单击可散点图呈现。软件界面、操作顺序和结果展示如下图:
本示例以查询拟南芥中At3g29430 At3g32040基因是否在低氮、低磷胁迫条件下上调表达,来提高设计表型筛选条件的成功可能性。
点击左上 “Get start” 使用向导按扭,弹出窗口左侧单击 “View expression across samples from a choose study”
AT3G29430 6.692795 AT3G32040 8.85259
;点new会对当前查询结果在程序中复制一次?(可能为进一步筛选或添加基因做备份);右端的文本框中可以输入关键字进一步筛选样品,匹配部分会高亮显示,可用左右箭头来控制浏览上一个或下一个匹配结果。想读原版帮助的小伙伴点击最右侧的Help吧。At3g29410 At3g29400 At3g32030
,可以呈现最多10个基因表达同时显示;散点图会有重叠,个人建议超过三个以上基因用热图呈现更容易解读。
这个软件功能非常强大,还可进行以下方面的分析,操作简单,按照引导或帮助很容易上手,我就不再一一描述了。