R包安装大全-番外篇一

SingleCellExperiment是单细胞转录组数据的基础包,大部分其它单细胞转录组数据处理的包都依赖于它,就跟芯片数据里面的ExpressionSet对象一样,需要拼了命的理解透,才有可能做好数据分析。

首先是无法安装包

最近MAC升级就死机,好不容易通过谷歌救活了,但是R里面安装SingleCellExperiment包却开始报错,

## try http:// if https:// URLs are not supported
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("SingleCellExperiment")
Bioconductor version 3.5 (BiocInstaller 1.26.1), ?biocLite for help
A newer version of Bioconductor is available for this version of R, ?BiocUpgrade
  for help
BioC_mirror: https://bioconductor.org
Using Bioconductor 3.5 (BiocInstaller 1.26.1), R 3.4.3 (2017-11-30).
Installing package(s) 'SingleCellExperiment'
Warning message:
package 'SingleCellExperiment' is not available (for R version 3.4.3)

按照我当初总结好的R包安装大全,R包终极解决方案 (请务必点击仔细阅读!!!)

下载它的macos版本压缩文件,直接解压到R的库目录,最后成功的安装了这个包

但是在包被载入的时候报错:

suppressPackageStartupMessages(library(scater))
# Error: This is R 3.4.3, package 'SingleCellExperiment' needs >= 3.5

很诡异的,当时硬是想不通为啥子,就去上海聚会了,放松了五天,回来检查了我的浏览器记录,发现这个SingleCellExperiment居然是有两个url,如下:

https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/SingleCellExperiment.html
https://bioconductor.org/packages/3.7/bioc/html/SingleCellExperiment.html

我有点诧异,一般来说,用最新版的即可。我进入仔细对比,发现依赖于3.7版本的bioconductor的那个包介绍页面里面写着依赖于 R (>= 3.5) 顿时尴尬了,现在是 2018年01月15日21:51:39 ,最新版的R还是3.4呀~!!

原来是当初我下载的SingleCellExperiment版本太超前了,尽管我把它挪到了library的目录,我的R也无法使用它,我删除了该目录,重新下载了一个!

wget https://bioconductor.org/packages/release/bioc/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/SingleCellExperiment_1.0.0.tgz

这个时候这个包可以被载入,但是仍然报错

包使用的时候报错

本以为安装成功了,也可以载入,就万事大吉了,事实证明我还是太年轻

suppressPackageStartupMessages(library(scater))
data("sc_example_counts")
data("sc_example_cell_info") 

example_sce <- SingleCellExperiment(
    assays = list(counts = sc_example_counts), colData = sc_example_cell_info)

#Error in checkSlotAssignment(object, name, value) : 
#  assignment of an object of class "GRangesList" is not valid for slot 'rowRanges' in an object of class "SingleCellExperiment"; is(value, "GenomicRanges_OR_GRangesList") is not TRUE

很明显仍然是包不兼容的问题。

我又回过头想了想,为什么不能自然而然的安装包呢?看到了升级选项:

biocLite("BiocUpgrade")
> source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
Bioconductor version 3.6 (BiocInstaller 1.28.0), ?biocLite for help
> biocLite("SingleCellExperiment")
BioC_mirror: https://bioconductor.org
Using Bioconductor 3.6 (BiocInstaller 1.28.0), R 3.4.3 (2017-11-30).
Installing package(s) 'SingleCellExperiment'
trying URL 'https://bioconductor.org/packages/3.6/bioc/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/SingleCellExperiment_1.0.0.tgz'
Content type 'application/x-gzip' length 857294 bytes (837 KB)
==================================================
downloaded 837 KB

学习之路,任重而道远!

切勿纠结,放松两天,也许思路就慢慢理顺了!

原文发布于微信公众号 - 生信技能树(biotrainee)

原文发表时间:2018-01-16

本文参与腾讯云自媒体分享计划,欢迎正在阅读的你也加入,一起分享。

发表于

我来说两句

0 条评论
登录 后参与评论

相关文章

来自专栏圆方圆学院精选

【董天一】如何在IPFS里面上传一张图片

        下载地址:https://dist.ipfs.io/#go-ipfs

1021
来自专栏FreeBuf

一次对个人服务器入侵事件的调查

这一切还要从我收到的通知邮件:“Your server is sending spam”说起。首先要说的是,这台服务器是用来运行之前项目的静态网站,并不保存关键...

2125
来自专栏琯琯博客

awesome-sysadmin-cn资源

系统管理员 资源列表,内容包括:备份/克隆软件、云计算/云存储、协作软件、配置管理、日志管理、监控、项目管理 备份 备份软件 Amanda:客户端-服务器模型备...

38012
来自专栏数据和云

DBA生存警示:系统存储级误删除案例及防范建议

编辑手记:对于资深的老DBA们,他们在漫长的职业生涯中养成了很多稀奇古怪的守则,以在复杂多变的环境中“幸存”,这源于无数血泪的教训,我曾经在《数据安全警示录》一...

32210
来自专栏FreeBuf

记一次Linux服务器被入侵后的检测过程

0x00 前言 故事是这样的,大年初一,客户反应他们服务器无法访问,查看路由,发现某oracle+tomcat服务器UDP流量超大,把带宽占完了,过年嘛,客户那...

3395
来自专栏数据和云

Linux系统被入侵后处理经历

春节将至,让安全伴你行。网络安全,从我做起,没有绝对的安全,只有尽可能减少攻击面,提供系统防护能。 背景 操作系统:Ubuntu12.04_x64 运行业务:公...

3037
来自专栏Youngxj

[源码分享]手机聊天室WiiChat v1.2.8

1534
来自专栏玉树芝兰

如何在Jupyter Notebook中使用Python虚拟环境?

如何在使用Jupyter Notebook时,解决Python虚拟环境间的切换问题?本文一步步帮你拆解。希望你能够避免踩坑的痛苦,把更多的时间花在愉快的编程上。

1053
来自专栏魏艾斯博客www.vpsss.net

Bandwagonhost 搬瓦工 VPS 设置自动续费 防止忘记续费数据被删

1483
来自专栏静下来

Discuz论坛多功能工具1.0版本发布

Discuz论坛多功能工具(Summer版本)1.0发布。 软件是集合了之前单独工具的功能,增加了发帖的功能,这样也会更加方便点吧。但是没有进过大批量的测试,可...

2914

扫码关注云+社区