KEGG数据库的rest API(附带R语言小技巧)

生信技能树

发布于 2018-03-29 16:27:59

1.9K0

发布于 2018-03-29 16:27:59

文章被收录于专栏：生信技能树生信技能树生信技能树

发现感兴趣的KEGG ID居然不在KEGG.db包里面，比如：

hsa05034 Alcoholism hsa05030 Cocaine addiction

导致下面的代码失效：

library(KEGG.db)
ls("package:KEGG.db")
cellcycle_genes=KEGGPATHID2EXTID[['hsa04110']]
cytokine_genes=KEGGPATHID2EXTID[['hsa04060']]
KEGGPATHID2EXTID[['hsa05034']]
KEGGPATHID2EXTID[['hsa05030']]

其实，即使不失效，也不能使用这种方法来找属于某个pathway的基因集合了，因为这个R包以及很多年没有更新了。

搜索了一下，发现KEGG数据库的rest API，比如

http://rest.kegg.jp/get/hsa05034 (点击阅读原文可以直达)

本来准备读入到R里面，然后自己解析，发现其实已经有了R包：

library(KEGGREST)
listDatabases()

## ----get_organisms------------------------------------------------------------
org <- keggList("organism")
head(org)
keggGet('hsa05034')
gs <- keggGet('hsa05034') 
gs[[1]]$GENE
genes <- unlist(lapply(gs[[1]]$GENE,function(x) strsplit(x,';')[[1]][1]))
genes[1:length(genes)%%2 ==0]

当然了，这个R包的功能不止如此：https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/KEGGREST.html 我就不多演示了，感兴趣的朋友去探索一下。

补充阅读：

pathway gif动画版可视化：https://github.com/ajmazurie/kegg-animate-pathway

另外：附赠一个基因ID转换R语言完成方式：

ensembl2symbol <- function(genes){
  library(org.Hs.eg.db)
  eg2symbol=toTable(org.Hs.egSYMBOL)
  eg2ensembl=toTable(org.Hs.egENSEMBL)
  #genes=sample(eg2ensembl$ensembl_id,100)
  tmp=merge(eg2symbol,eg2ensembl,by='gene_id')
  return(tmp[tmp$ensembl_id %in% genes,])
}
genes=sample(eg2ensembl$ensembl_id,100)
ensembl2symbol(genes)
genes=sample(eg2ensembl$ensembl_id,100)
ensembl2symbol(genes)
genes=sample(eg2ensembl$ensembl_id,100)
ensembl2symbol(genes)

就当是我当年参加生信技能树直播编程活动提交的作业吧！

本文参与腾讯云自媒体分享计划，分享自微信公众号。

原始发表：2018-03-10，如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

数据库

api

本文分享自生信技能树微信公众号，前往查看

如有侵权，请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。

本文参与腾讯云自媒体分享计划，欢迎热爱写作的你一起参与！

数据库

api

登录后参与评论

0 条评论

热度