今天要上NCBI下载sra数据发现没有下载的链接,网上查发现都是老的方法,NCBI页面已经变更,于是看了NCBI的help,并且记录下来新版的sra数据下载方法,要用NCBI的工具SRA Toolkit。另外咨询师兄,总结得到新的wget下载的方法。
下载后直接解压到某个指定位置
这里显示的是该project下的所有数据,点击一个,进入sra数据界面
这里点击1GB(数据大小)的链接,进入下载界面
再点击Accesion List 下载 Accesio List
更详情的请查看prefetch 帮助:https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=toolkit_doc&f=prefetch
以下是NCBI 存放SRR5483089的路径 ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR548/SRR5483090/ 可见ftp构成: ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/+SRR+登陆号前三位数字(548)+/SRR+完整登陆号(5483089) 进入即可看到FTP文件,可以直接下载或者通过复制链接用wget 下载