利用Chimera进行简单快速的MD

  1. 所需软件:Chimera1.11以上(免费,UCSF官网可以下),优点与AMBER无缝对接
  2. 有一定的MD模拟基础,懂得一般的分子力学模拟的流程;
  3. Tools---MD/Ensemble Analysis----Molecular Dynamic simulation
  4. GUI界面设置:prepare---->solvation---->constrain---->run parameter(包括minimization--equilibration--production)-----》RUN 就是分子动力学界WINDOWS,只需要懂得流程,鼠标点击下一步下一步就可以完成整个分子动力学模拟的过程,甚至通过chimera软件的分析模块,完成分析工作。

~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 总结:AMBER和amber力场占领生物分子模拟方面的1/3江山,通过上述的操作,可以实现AMBER力场(含小分子的力场参数化)工作,为菜鸟自动化完成部分高难度的工作。

原文发布于微信公众号 - 分子生物和分子模拟计算(bio-simulation)

原文发表时间:2017-08-18

本文参与腾讯云自媒体分享计划,欢迎正在阅读的你也加入,一起分享。

发表于

我来说两句

0 条评论
登录 后参与评论

相关文章

来自专栏嵌入式程序猿

小身板,大能量

如今时下,物联网大火,都想给自己的产品插上物联网的翅膀,增加产品的价值,提高产品的逼格,给客户更好的体验和评价,那么今天我们就来看看一款NXP和高通合作的wif...

3359
来自专栏成猿之路

考计算机二级,用这个软件,证书顺利到手!

1293
来自专栏知晓程序

资深产品经理实战:高尔夫引发的小程序思考

1212
来自专栏Android 开发者

[译] 利用 Android 构建 TV 的未来

1353
来自专栏知晓程序

买买买星人必备!这 4 款小程序,帮你轻松查快递

在网上下单后,虽然商品无法马上送到自己手上,但我们可以随时查看包裹距离自己还有多远,缓解期待和焦虑的情绪。

743
来自专栏非著名程序员

作为程序员的你,竟然不知道谷歌三件套

1192
来自专栏罗超频道

Chrome语音搜索评测:效果华丽!可惜大墙相隔

罗超为虎嗅网、爱科技网撰稿,2013年5月23日发表于首页 Chrome浏览器昨日进行了升级,推出了全新的语音搜索功能,允许用户通过语音进行搜索。本次升级面向P...

4327
来自专栏大数据架构师专家

关于技术整合

学习完nagios之后,这位同学开启了本地监控,发现http一直是警告的状态,状态描述如下:

953
来自专栏黑白安全

编程效率之IDE

在这个编程开发烂大街的时代,你会程序开发已经不是一件稀奇事。不过,优秀开发还是有一些微小差别的。这体现在开发效率上。IDE是决定开发效率的因素之一。

673
来自专栏架构师之路

互联网智能广告系统架构(业务+系统)

互联网智能广告系统架构 ? (争取用最简单的图,最简洁的语言描述清楚) 一、业务简述 从业务上看整个智能广告系统,主要分为: 1)业务端:广告主的广告后台 2...

5786

扫码关注云+社区