利用Chimera进行简单快速的MD

  1. 所需软件:Chimera1.11以上(免费,UCSF官网可以下),优点与AMBER无缝对接
  2. 有一定的MD模拟基础,懂得一般的分子力学模拟的流程;
  3. Tools---MD/Ensemble Analysis----Molecular Dynamic simulation
  4. GUI界面设置:prepare---->solvation---->constrain---->run parameter(包括minimization--equilibration--production)-----》RUN 就是分子动力学界WINDOWS,只需要懂得流程,鼠标点击下一步下一步就可以完成整个分子动力学模拟的过程,甚至通过chimera软件的分析模块,完成分析工作。

~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 总结:AMBER和amber力场占领生物分子模拟方面的1/3江山,通过上述的操作,可以实现AMBER力场(含小分子的力场参数化)工作,为菜鸟自动化完成部分高难度的工作。

原文发布于微信公众号 - 分子生物和分子模拟计算(bio-simulation)

原文发表时间:2017-08-18

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