samtools安装踩坑记录

问题描述：

我用conda安装的samtools软件

但是在使用samtools的时候，总是报错，没有载入samtools的库文件（动态库缺失）

samtools: error while loading shared libraries: libtinfow.so.5: cannot open shared object file: No such file or directory

然后，我就以为是命令写错了，

ls *.sam|while read id ;do (samtools sort -O bam -@ 5  -o $(basename ${id} ".sam").bam   ${id});done     #批量处理转换sam文件到bam文件

检查了很多次，没发现有错误，而且代码是参考了jimmy师兄的，出错可能不大。所以，这时候，对于还没入门菜鸟来说，我的头就大了，不知道该怎么处理，然后就百度了一下报错的信息。

百度说：出现这种问题，要么是操作系统里没有包含该共享库(lib.so.文件)或者共享库版本不对，下载安装进行调试就可以了；要么就是确实已经安装了该共享库，但是在调用该共享库的时候，按照程序默认路径检索并不能找到该共享库文件，那么就要注意设置共享路径了。

解决方法：

首先是确认问题，通过ldd查看samtools依赖了哪些工具。

which samtools
/home/amliang/miniconda3/envs/rna/bin/samtools
cd ~/miniconda3/envs/align/bin/samtools
ldd samtools                         #查看发现，确实libtinfow.so.5没有找到，如下图所示

网上有前辈说，这可能是因为安装的软件版本太新，使得软件有一些bug还没来得及被发现和解决

我自己安装的samtools是最新的1.8版本，可能在安装时samtools的预编译版本不会自带tinfow，它默认我们自己提供tinfow这个动态库。

所以，鉴于上面的猜测和参考前辈的经验

我就尝试着调低一个安装版本，我安装的是samtools 1.5版本，

conda install samtools=1.5

然后，运行了一下，发现可以正常使用。

所以说，前辈的指导很重要，一句话可以节省你半天时间！