生信技巧第5课-生信人必须安装的软件

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不知不觉就第5讲了，本次视频没有干货，只是为了保证入门系列视频的完整性而录制的，没啥事就不用看了，反正你需要安装一些软件就可以了。

本期视频，http://v.qq.com/x/page/j066458x9yp.html

电脑要求

最低配置是8G内存+0.5T硬盘，系统可以是ubuntu等linux系统，或者Windows里面安装虚拟机，或者 MAC，并且一定要安装好 xshell,winscp,everything,notepad++,git或者同等功能的软件：

• 下载并且安装好perl https://www.activestate.com/activeperl/downloads
• miniconda https://conda.io/miniconda.html
• R https://cloud.r-project.org/
• rstudio https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/
• Xshell https://www.netsarang.com/products/xsh_overview.html
• winscp https://winscp.net/eng/docs/lang:chs

Windows10系统可以直接启动ubuntu，自行搜索教程如何开启，如果是低版本的Windows系统，自行搜索教程安装虚拟机。

生信软件安装及使用

(官网，例子，conda)

多版本软件发布：NCBI的 blast以及sratoolkit 等等
二进制软件(预编译版本)：下载即可使用
C源码软件：官网，readme，安装，解决配置文件及报错
系统软件中心：ubuntu的用apt-get，centos的用yum，macOS的App Store或者brew
成熟的软件管理中心：conda

保证一个纯粹的新手，生物学的本科生，经过3个小时的折腾，达到熟悉linux的命令行界面，学到软件的安装及管理的方法。为组学实战演练打下基础。