生信技巧第5课-生信人必须安装的软件

长期更新列表: 视频讲解-R爬取生信软件列表到思维导图 生信技巧第二课-使用markdown记录和分享笔记 生信技巧第3课-请你务必学好R语言 broad官网出品的 必须神器 IGV 资料大全,含视频

不知不觉就第5讲了,本次视频没有干货,只是为了保证入门系列视频的完整性而录制的,没啥事就不用看了,反正你需要安装一些软件就可以了。

本期视频,http://v.qq.com/x/page/j066458x9yp.html

视频内容

电脑要求

最低配置是8G内存+0.5T硬盘,系统可以是ubuntu等linux系统,或者Windows里面安装虚拟机,或者 MAC,并且一定要安装好 xshell,winscp,everything,notepad++,git或者同等功能的软件

  • 下载并且安装好perl https://www.activestate.com/activeperl/downloads
  • miniconda https://conda.io/miniconda.html
  • R https://cloud.r-project.org/
  • rstudio https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/
  • Xshell https://www.netsarang.com/products/xsh_overview.html
  • winscp https://winscp.net/eng/docs/lang:chs

Windows10系统可以直接启动ubuntu,自行搜索教程如何开启,如果是低版本的Windows系统,自行搜索教程安装虚拟机。

生信软件安装及使用

(官网,例子,conda)

多版本软件发布:NCBI的 blast以及sratoolkit 等等
二进制软件(预编译版本):下载即可使用
C源码软件:官网,readme,安装,解决配置文件及报错
系统软件中心:ubuntu的用apt-get,centos的用yum,macOS的App Store或者brew
成熟的软件管理中心:conda

保证一个纯粹的新手,生物学的本科生,经过3个小时的折腾,达到熟悉linux的命令行界面,学到软件的安装及管理的方法。为组学实战演练打下基础。

原文发布于微信公众号 - 生信技能树(biotrainee)

原文发表时间:2018-06-01

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