基因名变化太快,比如PAM50

可以在 genefu 这个R包里面找到PAM50数据集

 library(genefu)
  data(pam50)
  pam50$centroids.map

简单查看如下:

         probe probe.centroids EntrezGene.ID
ACTR3B   ACTR3B          ACTR3B         57180
ANLN       ANLN            ANLN         54443
BAG1       BAG1            BAG1           573
BCL2       BCL2            BCL2           596
BIRC5     BIRC5           BIRC5           332
BLVRA     BLVRA           BLVRA           644
CCNB1     CCNB1           CCNB1           891
CCNE1     CCNE1           CCNE1           898
CDC20     CDC20           CDC20           991
CDC6       CDC6            CDC6           990
CDCA1     CDCA1           CDCA1         83540
CDH3       CDH3            CDH3          1001
CENPF     CENPF           CENPF          1063
CEP55     CEP55           CEP55         55165
CXXC5     CXXC5           CXXC5         51523
EGFR       EGFR            EGFR          1956
ERBB2     ERBB2           ERBB2          2064
ESR1       ESR1            ESR1          2099
EXO1       EXO1            EXO1          9156
FGFR4     FGFR4           FGFR4          2264
FOXA1     FOXA1           FOXA1          3169
FOXC1     FOXC1           FOXC1          2296
GPR160   GPR160          GPR160         26996
GRB7       GRB7            GRB7          2886
KIF2C     KIF2C           KIF2C         11004
KNTC2     KNTC2           KNTC2         10403
KRT14     KRT14           KRT14          3861
KRT17     KRT17           KRT17          3872
KRT5       KRT5            KRT5          3852
MAPT       MAPT            MAPT          4137
MDM2       MDM2            MDM2          4193
MELK       MELK            MELK          9833
MIA         MIA             MIA          8190
MKI67     MKI67           MKI67          4288
MLPH       MLPH            MLPH         79083
MMP11     MMP11           MMP11          4320
MYBL2     MYBL2           MYBL2          4605
MYC         MYC             MYC          4609
NAT1       NAT1            NAT1             9
ORC6L     ORC6L           ORC6L         23594
PGR         PGR             PGR          5241
PHGDH     PHGDH           PHGDH         26227
PTTG1     PTTG1           PTTG1          9232
RRM2       RRM2            RRM2          6241
SFRP1     SFRP1           SFRP1          6422
SLC39A6 SLC39A6         SLC39A6         25800
TMEM45B TMEM45B         TMEM45B        120224
TYMS       TYMS            TYMS          7298
UBE2C     UBE2C           UBE2C         11065
UBE2T     UBE2T           UBE2T         29089

当然准备把这些基因跟ensembl数据库的ID对应的时候我发现少了3个,然后我搜索发现它们的symbol其实被修改了,可以说变化比较快啦,才几年时间,3 of 50的基因就变了。

  # CDCA1 -->  NUF2    NUF2, NDC80 Kinetochore Complex Component
  # KNTC2 --> NDC80 
  # ORC6L --> ORC6 Origin Recognition Complex Subunit 6

需要用代码进行修改回来

  pam50genes=pam50$centroids.map[c(1,3)]
  pam50genes[pam50genes$probe=='CDCA1',1]='NUF2'
  pam50genes[pam50genes$probe=='KNTC2',1]='NDC80'
  pam50genes[pam50genes$probe=='ORC6L',1]='ORC6'

原文发布于微信公众号 - 生信技能树(biotrainee)

原文发表时间:2018-05-20

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