二代测序的局限性

生信技能树

发布于 2018-07-27 14:29:27

5300

发布于 2018-07-27 14:29:27

文章被收录于专栏：生信技能树

即使是长度为150bp的reads，理论上在基因组也有很多,是没办法unique定位

比如：

CACTACAATTATGTGTGGCAACGCATGTGTCGGCATTATGGCTGTCGCATGGGGAATTGGCTTTCTCCATTCGGTGAGCCAGTTGGCGTTTGCCGTGCACTTACTCTTCTGTGGTCCCAATGAGGTCGATAGTTTTTATTGTGACCTTCC

https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgBlat

 ACTIONS      QUERY           SCORE START  END QSIZE IDENTITY CHRO STRAND  START    END      SPAN
---------------------------------------------------------------------------------------------------
browser details YourSeq          148     1   150   150  99.4%     1   +      69465     69614    150
browser details YourSeq          146     1   150   150  98.7%    15   -  101922536 101922685    150
browser details YourSeq          146     1   150   150  98.7%    19   +     111053    111202    150
browser details YourSeq           36   107   150   150  91.0%    14   +   19936168  19936211     44
browser details YourSeq           20    99   118   150 100.0%     4   -  107986813 107986832     20

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原始发表：2018-06-16，如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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