生信小技巧第07课-从ncbi等数据库网站下载大批量原始测序数据

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不知不觉就第6讲了，本次视频没有干货，就是为了给想转化到生物信息学的朋友科普一下我们生信工作者一般在做啥子。

本期视频，http://v.qq.com/x/page/k06662ysbl3.html

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但是，为了方便大家观看，我们还是耗费时间上传到了腾讯课堂，即高清又不需要广告，点击文末阅读原文直达哦！

• 生信工作者都在做什么系列之一
• 视频见：http://v.qq.com/x/page/k06662ysbl3.html
• 背景知识

  

  • 需要有服务器，或者linux系统电脑，或者熟练Windows
  • 需要了解测序原理及NGS数据
  • 需要学会安装软件
  • 需要了解SRA数据库，参考：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK158899/
• 使用代码：nohup cat srr.list |while read id;do ~/biosoft/sratoolkit/sratoolkit.2.8.2-1-centos_linux64/bin/prefetch $id;done &
• SRA数据库的规律：https://mp.weixin.qq.com/s/1BTerwyy1vD425bFMPc6RQ
• oscc文章数据重新处理
  • 该是 2016年10月年发表的：APOBEC3A is an oral cancer prognostic biomarker in Taiwanese carriers of an APOBEC deletion polymorphismhttps://www.nature.com/articles/s41467-017-00493-9
• 脚本下载
  • 了解url的规律即可

  

• 数据处理，见后续课程

腾讯课堂观看该视频，获得更好的体验哦：https://ke.qq.com/course/307391