生信技巧第06课-你可能需要学一点编程

期更新列表： 视频讲解-R爬取生信软件列表到思维导图 生信技巧第二课-使用markdown记录和分享笔记 生信技巧第3课-请你务必学好R语言 broad官网出品的 必须神器 IGV 资料大全，含视频 生信技巧第5课-生信人必须安装的软件

不知不觉就第6讲了，本次视频还是有干货的，毕竟是某人花了50块钱找我给他录制的，你看完就相当于赚了50块钱哦！

理论上我推荐大家一定学会R语言的，本次视频我虽然讲解的是perl，但实际上是在讲解编程思维，请仔细听

本期视频，http://v.qq.com/x/page/q0666fu082m.html

• 视频里面讲解为什么学习编程
• 一个例子
• 编程思维的获得
  • perl -alne '{if($F[2] eq "transcript" ){/transcript_id\s\"(.*?)\"/;$transcript_id=$1; /FPKM\s\"(.*?)\"/;$fpkm=$1; /cov\s\"(.*?)\"/;$cov=$1; print "$transcript_id\t$fpkm\t$cov" } }' A172D2_1.gtf|head
  • perl -alne '{if($F[2] eq "transcript" ){/transcript_id\s\"(.*?)\"/;$transcript_id=$1; /FPKM\s\"(.*?)\"/;$fpkm=$1; /cov\s\"(.*?)\"/;$cov=$1; } else{$c{$transcript_id}++;$l{$transcript_id}+=(abs($F[4]-$F[3])+1)} } END{print "$_\t$c{$_}\t$l{$_}" foreach keys %c}' A172D2_1.gtf|grep ENST00000446136.1
  • perl -alne '{if($F[2] eq "transcript" ){/transcript_id\s\"(.*?)\"/;$transcript_id=$1; /FPKM\s\"(.*?)\"/;$fpkm=$1; /cov\s\"(.*?)\"/;$cov=$1; $f{$transcript_id}=$fpkm;$c{$transcript_id}=$cov } else{$c{$transcript_id}++;$l{$transcript_id}+=(abs($F[4]-$F[3])+1)} } END{print "$_\t$c{$_}\t$l{$_}\t$f{$_}\t$c{$_}" foreach keys %c}' A172D2_1.gtf|grep ENST00000446136.1
  • perl -alne '{if($F[2] eq "transcript" ){/transcript_id\s\"(.*?)\"/;$transcript_id=$1; /FPKM\s\"(.*?)\"/;$fpkm=$1; /cov\s\"(.*?)\"/;$cov=$1; $f{$transcript_id}=$fpkm;$c{$transcript_id}=$cov } else{$counts{$transcript_id}++;$l{$transcript_id}+=(abs($F[4]-$F[3])+1)} } END{foreach (keys %c) {next if $f{$_} <1;next if $c{$_} <3; next if $counts{$_} <2;next if $l{$_} <200;print "$_\t$counts{$_}\t$l{$_}\t$f{$_}\t$c{$_}" }}' A172D2_1.gtf >need.transcripts
  • 完美解决问题
  • 读取文件
  • 默认变量，关键词
  • 按列拆分
  • 判断语句
  • 循环语句
  • ①FPKM>=1;
  • ②cov >=3;
  • ③exon>=2；
  • ④exon总长度>=200
  • 解析需求
  • 熟悉语法
  • 不停的调试
• 学什么语言
  • awk 建议了解基础
  • perl 建议不学
  • python 强烈推荐 （小学生都会）
  • java 等其它可以了解（方便转行）