broad官网出品的 必须神器 IGV 资料大全,含视频

虽然官网资料很详细了,但总有人不知道如何开始,所以我还是录制了教学视频: http://v.qq.com/x/page/u0664f1hq2s.html

视频内容

学习,最好是根据最权威的资料上手练习,而broad的教学PPT应该是你的首选!

  • 为什么需要用 IGV (生物信息学数据格式 fastq --> bam --> vcf/gtf/bed )
  • 准备工作:java环境设置
  • 讲义:ftp://ftp.broadinstitute.org/distribution/igv/ASHG_2015/IGV_ASHGWorkshop_2015.pdf
  • 下载软件
    • 首先谷歌搜索
    • 然后点击下载
  • 测试数据
    • broad官网的:ftp://ftp.broadinstitute.org/distribution/igv/TEST/
    • 如果官网下载缓慢,可以使用我们生信技能树的网盘链接:https://share.weiyun.com/5oAvoqZ
  • IGV.js
  • 批量截图
  • 一些疑问
    • 为什么一条reads(150bp)上面可以有高达10个的错配呢?
    • 为什么我们的reads会被soft clipping呢?
  • NGS组学异同点:
    • 有参组学(全基因组,全外显子组学,转录组学,表观) 视频在链接:https://pan.baidu.com/s/1YsFa6BFInfO_kYYpvyh2kg
  • 课程参考资料:
    • 培训: https://bioinformatics-core-shared-training.github.io/intro-to-IGV/
    • broad 官方资料:ftp://ftp.broadinstitute.org/distribution/igv/

原文发布于微信公众号 - 生信技能树(biotrainee)

原文发表时间:2018-05-28

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