broad官网出品的 必须神器 IGV 资料大全，含视频

虽然官网资料很详细了，但总有人不知道如何开始，所以我还是录制了教学视频： http://v.qq.com/x/page/u0664f1hq2s.html

学习，最好是根据最权威的资料上手练习，而broad的教学PPT应该是你的首选！

• 为什么需要用 IGV (生物信息学数据格式 fastq --> bam --> vcf/gtf/bed )
• 准备工作：java环境设置

  

• 讲义：ftp://ftp.broadinstitute.org/distribution/igv/ASHG_2015/IGV_ASHGWorkshop_2015.pdf
• 下载软件
  • 首先谷歌搜索

  

  • 然后点击下载

  

• 测试数据
  • broad官网的：ftp://ftp.broadinstitute.org/distribution/igv/TEST/
  • 如果官网下载缓慢，可以使用我们生信技能树的网盘链接：https://share.weiyun.com/5oAvoqZ

  

• IGV.js
• 批量截图
• 一些疑问
  • 为什么一条reads(150bp)上面可以有高达10个的错配呢？
  • 为什么我们的reads会被soft clipping呢？
• NGS组学异同点：
  • 有参组学(全基因组，全外显子组学，转录组学，表观) 视频在链接：https://pan.baidu.com/s/1YsFa6BFInfO_kYYpvyh2kg
• 课程参考资料：
  • 培训： https://bioinformatics-core-shared-training.github.io/intro-to-IGV/
  • broad 官方资料：ftp://ftp.broadinstitute.org/distribution/igv/