专栏首页生信宝典Seq logo 在线绘制工具——Weblogo

Seq logo 在线绘制工具——Weblogo

seqlogo图可以直观清晰的反应序列偏好特征,每个位置出现的碱基或氨基酸类型反映了该位置序列的偏好性,每个字母的大小与该碱基在该位置上的出现频率成正相关。

这种表现方式对研究转录因子结合、RNA修饰等有重要指导意义,时常被应用到论文中。

上一篇推送介绍了关于如何利用R包绘制seqlogo图,本文接着推荐一个在线绘制seqlogo的工具Weblogo.

Weblogo在线工具

WebLogo(http://weblogo.threeplusone.com)绘制seqlogo的老牌在线工具。相比于在R上绘制seqlogo图,网页版在线工具更加轻松容易。但同时也存在一定的局限性,就是不适合分析大批量数据。

结合上一篇《R包ggseqlogo绘制seq logo图》推文,我们可以分别体验在网页绘制的轻松感,也可以体验本地运行代码的快感。下面就来看一下WebLogo的使用:

Weblogo的首页

用户指南

网站中给出了用户指南,里面详细介绍了上传数据要求的格式、logo大小及颜色调整、输出格式等。

在此列出需注意的几项,更多详情参见网页:

  • Sequence Data:上传的文件格式要求为 CLUSTALW, FASTA, plain flatfile, MSF, NBRF, PIR, NEXUS和PHYLIP文件,其中要求每段序列的长度需保持一致
  • Output format:最终结果可存储PNG、JPEG、EPS、PDF、SVG格式 (矢量图可用文章用图的修改和排版(2)进一步修饰)
  • Sequence Type:序列类型可以是蛋白序列、DNA、RNA
  • Y轴的单位设定见下表
  • logo字符颜色更改:支持更改既定的配色方案,更改颜色需使用指定的CSS2语法输入颜色
  • 具体参数见下文图示

examples

Examples界面下展示了多个经典蛋白序列、核酸序列保守性logo图,点击Edit Logo可以查看这些例子的数据输入格式及作图时标题、横纵坐标设定等参数,可以试着重新更改参数后看看效果。

Create——绘制自己的seqlogo

在Create界面选择上传数据文件或者直接输入序列,调好各项图片参数后即可得到logo图!注意上面提到的数据格式要求,每一段序列要求相同的长度。而在R包中,除了可以输入序列外还可以输入PFM矩阵进行分析。

核酸序列的输入格式

>aldB -18->4
attcgtgatagctgtcgtaaag
>ansB 103->125
ttttgttacctgcctctaactt
>araB1 109->131
aagtgtgacgccgtgcaaataa
…...

蛋白序列的输入格式

>Q9EXQ1/196-227 
LTMT.-RGDIGNYLGLTVETISRLLGRFQKLGVL
>Q46158/72-92 
LTMT.-RGDIGNYLGLTVETISR-----------
>Q46157/72-92 
LTMT.-RGDIGNYLGLTVETISR-----------
>Q46159/72-92 
LTMT.-RGDIGNYLGLTVETISR-----------
>Q47948/72-92 
LTMT.-RGDIGNYLGLTVETISR-----------
>FNR_HAEIN/196-227 
LTMT.-RGDIGNYLGLTVETISRLLGRFQKLGVI
>ETRA_SHEPU/193-224 
LTMT.-RGDIGNYLGLTVETISRLLGRFQKSGLI
……

颜色更改及其它参数

可以在下面Color scheme指定自定义配色方案,在左边指定颜色,右边指定相关符号,使用CSS2语法输入颜色。这样我们就给seqlogo图换了一身衣服~ (Version fineprint勾掉后就会隐去右下角的WebLogo水印,用完别忘记引用哦)

本文分享自微信公众号 - 生信宝典(Bio_data)

原文出处及转载信息见文内详细说明,如有侵权,请联系 yunjia_community@tencent.com 删除。

原始发表时间:2018-07-25

本文参与腾讯云自媒体分享计划,欢迎正在阅读的你也加入,一起分享。

我来说两句

0 条评论
登录 后参与评论

相关文章

  • Weblogo |Seq logo 在线绘制工具

    seqlogo图可以直观清晰的反应序列偏好特征,每个位置出现的碱基或氨基酸类型反映了该位置序列的偏好性,每个字母的大小与该碱基在该位置上的出现频率成正相关。

    生信宝典
  • DNA metabarcoding: 条形码的追踪饮食摄入之路

    最近一项研究表明:DNA metabarcoding为追踪人类饮食中植物的摄入提供了一种有潜力的新方法,类似方法也可以用来检测人类食谱中的动物成分和真菌成分。该...

    生信宝典
  • Bioconda软件安装神器:多版本并存、环境复制、环境导出

    2017年生信宝典发布了Linux学习 - 又双叒叕一个软件安装方法,现在根据使用经验做一些更新,主要是增加了conda环境的复制、导入和导出功能。最开始是为了...

    生信宝典
  • Weblogo |Seq logo 在线绘制工具

    seqlogo图可以直观清晰的反应序列偏好特征,每个位置出现的碱基或氨基酸类型反映了该位置序列的偏好性,每个字母的大小与该碱基在该位置上的出现频率成正相关。

    生信宝典
  • 景驰法人代表起诉CFO伪造签名质押股权,官方回应

    【新智元导读】昨天景驰科技法人代表潘思宁称,景驰科技CFO吕庆等人未经其同意将潘思宁股权进行质押,近期又伪造潘的签名和股东会决议变更北京景骐信息技术有限公司的法...

    新智元
  • 免费的泛域名SSL证书!

    FHYC
  • 机器学习与深度学习核心知识点总结--写在校园招聘即将开始时

    一年一度的校园招聘就要开始了,为了帮助同学们更好的准备面试,SIGAI 在今天的公众号文章中对机器学习、深度学习的核心知识点进行了总结。希望我们的文章能够帮助你...

    SIGAI学习与实践平台
  • 【收藏】机器学习与深度学习核心知识点总结

    梯度下降法沿着梯度的反方向进行搜索,利用了函数的一阶导数信息。梯度下降法的迭代公式为:

    yuquanle
  • 【收藏】机器学习与深度学习核心知识点总结

    梯度下降法沿着梯度的反方向进行搜索,利用了函数的一阶导数信息。梯度下降法的迭代公式为:

    zenRRan
  • 机器学习与深度学习核心知识点总结

    梯度下降法沿着梯度的反方向进行搜索,利用了函数的一阶导数信息。梯度下降法的迭代公式为:

    Datawhale

扫码关注云+社区

领取腾讯云代金券