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生信技能树

发布于 2018-08-16 17:15:15

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发布于 2018-08-16 17:15:15

知识诅咒想必大家都不陌生，如果读者还不清楚，我摘抄一段：

知识诅咒

1990年，伊丽莎白·牛顿在斯坦福大学通过研究一个简单的游戏获得了心理学博士学位。在这个游戏中，她把参与者分为两种角色：“敲击者”和“听众”。敲击者拿到一张25首名曲的单子，包括《祝你生日快乐》这种旋律简单的歌曲。每位敲击者挑选一首，把节奏敲给听众听（通过敲桌子）。听众的任务是根据敲击的节奏猜出歌曲。

在实验过程中，“敲击者”敲出了120首曲子的节奏。事与愿违的是，“听众”只猜出了其中的2.5%——3首。而在实验之前，大家预测“听众”猜出歌曲的概率为50%，即60首。

在实验中，听众要付出很多努力才能辨认出歌曲，敲击者对此感到震惊：这么明显你都听不出来？你的愚蠢怎么会如此高人一等？

通过这个游戏，伊丽莎白·牛顿发现人与人之间普遍存在着一种认知偏差，这种认知偏差被称为：知识的诅咒（The Curse of Knowledge），即：我们一旦知道了某事，就无法想象这件事在未知者眼中的样子。当我们把自己知道的知识解释给别人的时候，因为信息的不对等，我们很难把自己知道的完完全全给对方解释清楚。总是，我们的知识“诅咒”了我们。

所以，在以上实验中，“敲击者”已拥有的知识（歌曲题目）让他们想象不到“听众”缺乏这种知识会是什么情形。“听众”自然也就很难猜对歌曲的名字。

正是因为如此，我在指导几个小伙伴入门R语言的时候简单粗暴的指出：

所有的软件都安装在c盘哦，然后系统用户名最好是不要用中文，写代码最怕中文字符串哦！生信0基础第一步，下载R和Rstudio并且安装在自己的电脑上面。官网链接是

R: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/
RStudio：https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/#download

如果你的网络不好，可以从我整理的网盘下载，链接：https://share.weiyun.com/5hW6VAA 密码：3fuhrm

options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
if(! require("devtools")) install.packages("devtools")
if(! require("reshape2")) install.packages("reshape2")
if(! require("ggplot2")) install.packages("ggplot2")
if(! require("pheatmap")) install.packages("pheatmap")
if(! require("ggfortify")) install.packages("ggfortify")
if(! require("stringr")) install.packages("stringr")
if(! require("survival")) install.packages("survival")
if(! require("survminer")) install.packages("survminer")
if(! require("lars")) install.packages("lars")
if(! require("glmnet")) install.packages("glmnet")

if(! require("timeROC")) install.packages("timeROC")
if(! require("ggpubr")) install.packages("ggpubr")

if(! require("randomForest")) install.packages("randomForest")
if(! require("ROCR")) install.packages("ROCR") 
if(! require("Hmisc")) install.packages("Hmisc")

if(! require("caret")) install.packages("caret")
# if(! require("genefilter")) install.packages("genefilter")
if(! require("ggstatsplot")) install.packages("ggstatsplot")

### 下面的包是为了临床三线表
if(! require("tableone")) install.packages("tableone")
## 网络不好，就不要安装了。
## 而且Windows电脑安装 rJava 也经常是需要人指导的。
# https://github.com/rstudio/rstudio/issues/2254
if(! require("rJava")) install.packages("rJava")
if(require('rJava')){

  # https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/ReporteRs/
  if(! require("ReporteRs")) install.packages("ReporteRs")
  devtools::install_github('davidgohel/ReporteRsjars')
  devtools::install_github('davidgohel/ReporteRs')
}


library(devtools) 
source("http://bioconductor.org/biocLite.R") 
## 如果你的网络实在是太差，试试看：
# install.packages("BiocInstaller",repos="http://bioconductor.org/packages/3.7/bioc")  
## 很可惜你在中国大陆，不得不承受这个痛苦。

options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") 
library('BiocInstaller')
if(! require('edgeR')){

  biocLite(c('airway','DESeq2','edgeR','limma'))
}

if(! require("CLL")) biocLite("CLL")
if(! require("org.Hs.eg.db")) biocLite('org.Hs.eg.db')
library(BiocInstaller)
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
if(! require("maftools")) biocLite("maftools")
if(! require("RTCGA")) biocLite("RTCGA")
if(! require("RTCGA.clinical")) biocLite("RTCGA.clinical")
# https://bioconductor.org/packages/3.6/data/experiment/src/contrib/RTCGA.clinical_20151101.8.0.tar.gzn
if(! require("RTCGA.miRNASeq")) biocLite("RTCGA.miRNASeq")
if(! require("maftools")) biocLite("maftools")
if(! require("genefilter")) biocLite("genefilter")


# Then from : https://github.com/ShixiangWang 
# You don't need run the codes below, I will explain to you face to face.

source("http://bioconductor.org/biocLite.R") 
packs = c("devtools", "reshape2", "ggplot2", "pheatmap", "ggfortify", "stringr", "survival",
          "survminer", "lars", "glmnet", "timeROC", "ggpubr", "randomForest", "ROCR", "genefilter",
          "Hmisc", "caret", "airway","DESeq2","edgeR","limma", "CLL", "org.Hs.eg.db", "maftools")
if(! require(pacman)) install.packages("pacman", dependencies = TRUE)
pacman::p_load(packs, dependencies=TRUE, character.only = TRUE)
# check
pacman::p_loaded(packs, character.only = TRUE)
all(pacman::p_loaded(packs, character.only = TRUE))

但是我看到小朋友给我的反馈截图，我就奔溃了！！！