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R语言基础操作①基础指令

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用户1359560
发布2018-08-27 11:47:06
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发布2018-08-27 11:47:06
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文章被收录于专栏:生信小驿站

基础指令

程序辅助性操作:

运行

q()——退出R程序 tab——自动补全 ctrl+L——清空console ESC——中断当前计算

调试查错

browser() 和 debug()——设置断点进行,运行到此可以进行浏览查看(具体调试看browser()帮助文档(c,n,Q)) stop(‘your message here.’)——输入参数不正确时,停止程序执行 cat()——查看变量?

帮助

help(solve) 和 ?solve 等同 ??solve——检索所有与solve相关的信息 help(“[[“) 对于特殊含义字符,加上双引号或者单引号变成字符串,也适用于有语法涵义的关键字 if,for 和 function help(package=”rpart”)——查看某个包 help.start()——得到html格式帮助 help.search()——允许以任何方式(话题)搜索帮助文档 example(topic)——查看某个帮助主题示例 apropos(”keyword”)——查找关键词keyword相关的函数 RSiteSearch(“onlinekey”, restrict=fuction)——用来搜索邮件列表文档、R手册和R帮助页面中的关键词或短语(互联网)RSiteSearch(‘neural networks’)

准备

文件目录设置

setwd()——设置工作文件目录 getwd()——获取当前工作文件目录 list.files()——查看当前文件目录中的文件

加载资源

search()——通过search()函数,可以查看到R启动时默认加载7个核心包。 基础函数:数学计算函数,统计计算函数,日期函数,包加载函数,数据处理函数,函数操作函数,图形设备函数

setRepositpries()——选择软件库(CRAN,Bioconductor,R-Forge) (.packages())——列出当前包 (.packages(all.available=TRUE))——列出有效包 install.packages()——安装包 library()和require()——加载R包(package)至工作空间

data()——列出可以被获取到的存在的数据集(base包的数据集) data(package=“nls”)——将nls包的datasets加载到数据库中

批处理文件和结果重定向

source(“commands.R”)——执行commands.R (存放批处理命令的)脚本文件。 cat(<rcommond style="font-family: "Microsoft Yahei";">,file=””)——可以把R命令输出至外部文件,然后调用source函数进行批处理

数据处理

输入输出(读入输出数据、文件)

assign(“x”,c(1,2,3)) 和 x <- c(1,2,3) 和 c(1,2,3)->x ——向量赋值

read.table(”infantry.txt”, sep=”\t”, header=TRUE)——seq属性用其它字符分割,比如文本文件用空格(tab)分隔,header设置为文件中已经存在表头名称 read.csv(“targets.csv”)——读入csv(Comma Seperated Values)文件,属性被逗号分割 read.csv(url(““))——read.csv() 和 url()的合体,读存在网上的数据

x <- scan(file=””)——手动输入数据,同时scan可以指定输入变量的数据类型,适合大数据文件 scan(“data.dat”, what = list(“”, 0, 0))——what指定变量类型列表 readLines(‘http:……’,n=10)——读取文本文件,将文档转为以行为单位存放的list格式,比如读取读取wikipedia的主页html文件的前十行

write.table(Data, file=”file.txt”, row.names = FALSE, quote=FALSE)——输出,quote为FALSE去掉字符串类型的双引号,write.table(stasum, “stasum.csv”,row.names = FALSE,col.name=FALSE,sep=”,”,append=TRUE) write.csv(data,file=”foo.csv”,row.names=FALSE)——写成csv格式,row.names=FALSE去掉行号

print()——打印 save.image(”./data.RData”)——把原本在计算机内存中(工作空间)活动的数据转存到硬盘中。 load(“./RData”)——加载目录中的*.RData,把文档-词项矩阵从磁盘加载到内存中

数据查看

通用对象

R是一种基于对象(Object)的语言,对象具有很多属性(Attribute),其中一种重要的属性就是类(Class),最基本的类包括了数值(numeric)、逻辑(logical)、字符(character)、列表(list),符合类包括矩阵(matrix)、数组(array)、因子(factor)、数据框(dataframe)。

class() 和 data.class(object)——查看对象object的类或类型 unclass()——消除对象object的类

基本数据类型

mode()——查看基本数据类型 length()——查看长度 as.<数据类型>——改变对象的数据类型

混合类型

逻辑类型+数值类型=数值类型 逻辑类型+字符类型=字符类型 数值类型+字符类型=字符类型

ls() 和 objects()——查看当前工作空间中存在的对象(变量) rm(list=ls())——删除工作空间的所有对象 methods(x)——查看x函数的源码,有些自带函数输入名称x可以直接看到,有一些需要调用methods方法才能查看函数x的源码,出现多重名,输入对应名称即可

str()——查看数据(框)中的数据总体信息(比如样本个数、变量个数、属性变量名称、类型) nrow(dataframe)——查看数据集行数 NROW(vector)——查看向量的行数,等于length(x) head(dataframe)——查看数据集前6行数据 tail(dataframe)——查看数据集尾6行数据

本文参与 腾讯云自媒体同步曝光计划,分享自作者个人站点/博客。
原始发表:2018.08.17 ,如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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