免费Linux系统和生信宝典原创学习教程

生物信息的学习离不开Linux系统,不管自己写命令处理数据,还是使用现有的工具。Linux对我们来讲最重要的是它强大的命令行功能,可以快速、批量、灵活的处理数据的提取、统计和整理等耗时耗力的重复性工作。事实上在日常生信分析中,多数整理工作也都是用Linux命令的组合完成的,相比于写完整的Python或Perl程序更简便快捷;另外,生信分析用到的工具大都只在Linux下运行,而Linux发行版众多,更新速度不一,软件的安装是一个令人头大的事情。

另外对我们大部分朋友来说,接触电脑一直都是图形界面系统,通过单击、双击打开文件、切换目录、安装运行软件都已经运用的得心应手,对文件路径的概念也不太关注。乍一接触Linux,会对其组织逻辑不适应,生信宝典公众号最开始推出Linux教程就是关于文件和目录的描述,以及与Windows系统的对应,方便做一个快速切换。

文后列出的Linux教程是属于比较精简的生信工作者常用的命令和命令组合。与传统的Linux书籍不同的地方有两点:

  1. 摒弃大部分用不到的Linux命令,只保留生信常用的,学习起来更有的放矢
  2. 增加生信实战中Linux命令的组合,这是通用Linux教程中所没有的。通用教程只会提供一块块砖,我们是提供组合好的模块,直接可以应用,避免只见树木不见森林。

教程有了,还需要一个练习的环境。如果不熟悉Linux时自己安装是比较麻烦的,所以可以借助在线免费平台进行练习。这又体现了我们的教程的又一好处,测试数据自带于教程中,不依赖外部数据的导入,保证了自身的完整性。

推荐的免费平台有2个:linuxzoocodenvy

linuxzoo

访问网址:http://linuxzoo.net/,按下图生信宝典录制的动画所示用邮箱注册,注册完之后立即可以使用。收到激活邮件点击后,可永久使用。

注册后,按图示点击选择喜欢的操作系统,这里选的是默认的Centos,然后就可以connect。最简单的打开方式是直接在浏览器打开使用, 点击JScript Telnet即可跳转登录界面。如果用根用户登录,输入用户名root和密码secure。其它用户名和密码都在首页展示,自己查询即可获得。

linuxzoo优点是有根用户权限,缺点是不能连接外网,但不影响我们大部分代码的练习。

CODENVY

访问网址:http://codenvy.io/,也需要先注册,如果有Github和谷歌账号的话,可以直接登录。然后按图示Create Workspace,任选一个STACK就可以,都是基于Ubuntu系统的,然后等待完成初始化,即可使用了。

优点是有根用户权限,同时可以连接外网。

教程合集

后台回复 “生信宝典福利第一波” 获取完整版教程。

生信宝典-Linux教程.pdf 生信宝典Py3_course.pdf 生信宝典-R学习教程.pdf

原文发布于微信公众号 - 生信宝典(Bio_data)

原文发表时间:2018-09-05

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