时间序列芯片数据分析极详细完整流程

写在前面：从.CEL格式原始数据下载，到最终关键基因筛选（非hub基因）和初步验证，整个流程，目录还会增加。会涉及R及众多R包（最关键的是maSigpro和WGCNA），统计，ggplot2，cytoscape等。目标还是和前面的RNA-seq流程一样，你可以从头到尾一直重复下去。

内容会很长，最近事情多，更新会比较慢。感兴趣的可以按照这个思路去自己摸索。

目录

1：NCBI原始数据下载（直接下载或wget）

2： 原始数据下载后的整理

3：芯片质量控制

4：芯片数据预处理得到表达水平数据

5：基于maSigPro包时间序列差异表达基因(DEGs)筛选

6：DEGs的生物功能富集分析(GO+KEGG):clusterprofiler包

7: 权重基因共表达网络的构建及分析（WGCNA）

8: 关键模块和关键候选因子筛选

• 8.1 hub基因的筛选（基于WGCNA）
• 8.2 差异基因PPI网络的建立和分析
• 8.3 可能的关键模块中候选关键基因分析
• 8.4 转录因子和microRNA分析
• 8.5 潜在关键基因的识别（功能未知或未注释基因）

9: 关键因子的初步验证

• 9.1
• 9.2
• 9.3