转录因子主要有3种作用方式调控基因表达: TF既可以结合在DNA临近的增强子也可以结合在启动子玉玉。和TF有关的基因转录既可以上调也可以下调,TF通过以下几个方面调控基因表达,包括:
基础转录条件和差异调节
真核生物中,一类重要的TF是general transcription factors(GTFs),是转录所必需,大多数GTFs不直接结合DNA,而是和RNA pol相互作用的大的转录预起始复合体的一部分。最常见的GTFs有TFIIA,TFIIB,D,E,F,H。这些预复合体结合在他们调节的gene的DNA上游区域。
其余的TFs差异调节gene表达,结合部位是其条款gene的DNA附近的增强子区域。这些TFs非常重要,因为他们对gene在合适的时间,细胞,数量等的表达很重要,这依赖于物种的需要。