跟着jimmy学docker系列之第4讲：docker容器资源调度问题（MAC版本）
跟着jimmy学docker系列之第4讲：docker容器资源调度问题（MAC版本）
前面我们复习了docker的用法，而且我还带领大家亲自构建了一个自己的docker容器，也成功的在测试数据集里面运行了，但是前面我说的，我这次搞docker是因为真的有需求，那么就必然要处理我的真实数据。
这个时候的bam文件是10-20G大小了，不是我GitHub上面的几十个K的小测试文件，真正跑起来才发现，进程总是被kill掉，因为内存的问题，所以就有了本教程。
前面第三讲我创建了自己的docker容器，而且还成功的在小数据集上面测试成功啦，但是想真正分析大数据的时候发现进程总是被killed，仔细想了想应该是docker容器能调用的资源被限制，所以也搜索学习了一些。
在使用 docker 运行容器时，一台主机上可能会运行几百个容器，这些容器虽然互相隔离，但是底层却使用着相同的 CPU、内存和磁盘资源。如果不对容器使用的资源进行限制，那么容器之间会互相影响，小的来说会导致容器资源使用不公平；大的来说，可能会导致主机和集群资源耗尽，服务完全不可用。
docker 作为容器的管理者，自然提供了控制容器资源的功能。正如使用内核的 namespace 来做容器之间的隔离， docker 也是通过内核的 cgroups 来做容器的资源限制。 可以参考：
- 使用 docker 对容器资源进行限制
- Docker 运行时资源限制
本来我也是按部就班的理解前辈们的教程，调整参数希望可以调度资源，最后始终无法解决问题，就求助了在华为生信云容器的北大胡博士，他指出来了我的docker是安装在我的iMac上面，所以这些教程都不能使用。
如果我要修改内存和CPU，直接跳转界面版本的docker的preference 即可。
如果资源配置好了?
docker run -it -v /Users/jmzeng/data/project/:/work_dir jmzeng/lancet:v1.0 /bin/bash
root@ca3a9e72b32f:/# cd /work_dir/lancet/
## 脚本如下：
## 也可以设置；--num-threads
ref=/work_dir/ref/Homo_sapiens_assembly38.fasta
cat config |while read id;
do
arr=($id)
normal_bam=${arr[1]}
tumor_bam=${arr[2]}
sample=${arr[0]}
echo $id;
for chrom in {1..22} X Y M;do
echo $chrom
echo "lancet --tumor $tumor_bam --normal $normal_bam --ref $ref --num-threads 4 --reg chr$chrom > ${sample}_chr${chrom}.vcf"
lancet --tumor $tumor_bam --normal $normal_bam --ref $ref --num-threads 4 --reg chr$chrom > ${sample}_chr${chrom}.vcf
done
done
# lancet --tumor t1.bam --normal n.bam --ref ref/Homo_sapiens_assembly38.fasta --reg chr3:179230000-179240000 > t1.vcf现在就可以批量把所有的肿瘤配对WES数据走一波lancet软件，得到somatic的vcf格式的突变记录文件啦。非常方便。可以看到docke把mac的cpu全部调用了
