TCGA数据库的肿瘤病人也是有药物反应信息的

在August 2018文章看到,作者使用了 49 FDA approved drugs to the 5605 tumor samples from 21 cancer types 这样的信息。

To determine whether cancer cell line based LENP model could predict patient drug response, we applied the LENP models to TCGA tumor lncRNA expression profile and predicted patient drug response across 21 cancer types

作者使用生存曲线来作为药物治疗的指标,而一个病人通常会受到多个药物治疗,所以需要根据NCCN治疗指南来矫正不同药物作用。

作者还找TCGA团队申请了 病人的原始治疗记录。

也就是说其实TCGA数据库的肿瘤病人也是有药物反应信息的,如果拿的,那数据挖掘的方法就更加丰富了。

原文发布于微信公众号 - 生信技能树(biotrainee)

原文发表时间:2018-11-22

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