多个探针对应同一个基因取最大表达量探针极简代码
这个需求实在是太常见了，很多时候我们下载的表达矩阵，都是基因的探针ID作为行名来标记，如下：
这个变量是 dat，一个表达矩阵， 所以需要对探针进行注释，并且筛选。
首先看看注释的结果：
很明显可以看到，很多基因都是有多个探针的，而且每个探针的中位表达量不一样，这里我们可以选择最大的探针保留。
代码很简单：
dat[1:4,1:4]
library(hgu133plus2.db)
ids=toTable(hgu133plus2SYMBOL)
head(ids)
dat=dat[ids$probe_id,]
dat[1:4,1:4]
ids$median=apply(dat,1,median)
ids=ids[order(ids$symbol,ids$median,decreasing = T),]
ids=ids[!duplicated(ids$symbol),]
dat=dat[ids$probe_id,]
rownames(dat)=ids$symbol
dat[1:4,1:4] 过滤后的表达矩阵如下：
可以手动简单检查一些探针的转换情况来验证代码是否准确无误。
不过，如果你连表达矩阵都不知道如何生成，那么你需要补充的基础知识就比较多了。
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原始发表：2018-11-24，如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除
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