生物与计算机的结合让生物进入大数据时代,为方便管理各种生物数据,科学家们开发了各式各样的生物数据库。了解与自己研究领域相关的数据库,并加以利用可能会使研究工作得到事半功倍的效果。在此将常用数据库按照以下分类方式大致整理了一下,方便检索。
分类不准或有遗漏的欢迎指出,后续将不断推出更新版本。
元数据库,合并不同来源的相关数据以更新的或更加方便的形式提供新的数据,通俗的讲就是数据库的数据库,代表性的数据库主要有以下几个:
模式生物数据库,为深入研究模式生物提供生物数据,如:
核酸数据库分为一级数据库(Primary databases)和二级数据库(Secondary databases)
下面三个数据库是核酸的主数据库,存储来自所有生物的核酸序列,接受用户提交核酸序列,每天交换更新数据以实现他们之间的最佳同步。
数目很多,先列出一些,欢迎补充:
这些数据库收集基因组序列,注释并分析他们,以提供公共访问。主要包括:
代谢途径和蛋白质功能数据库
外泌体是一类可以由多种细胞类型分泌的胞外囊泡,与其他胞外囊泡如核外颗粒体和凋亡小体不同,外泌体是内吞起源的。外泌体在疫苗、药物递送、细胞间通信的作用以及其作为生物标志物的一种可能来源以及引起了研究人员的极大兴趣,导致外泌体相关研究呈现井喷趋势。相关数据库如下: