GEOquery包的getGEO函数总是无法下载肿么办
通常我都是教大家使用下面的代码下载任意GEO数据库的数据集：
options(stringsAsFactors = F)
# 注意查看下载文件的大小，检查数据
f='GSE76275_eSet.Rdata'
library(GEOquery)
# 这个包需要注意两个配置，一般来说自动化的配置是足够的。
#Setting options('download.file.method.GEOquery'='auto')
#Setting options('GEOquery.inmemory.gpl'=FALSE)
if(!file.exists(f)){
gset <- getGEO('GSE76275', destdir=".",
AnnotGPL = F, ## 注释文件
getGPL = F) ## 平台文件
save(gset,file=f) ## 保存到本地
}
load('GSE76275_eSet.Rdata') ## 载入数据但总是有部分大陆的朋友使用起来很困难，错误如下：
通常只有的网络错误，都很诡异，毕竟长城在这里。
解决方式也简单，加上代码： options( 'download.file.method.GEOquery' = 'libcurl' ) 即可！
再次运行后如下：
修改后就没有问题啦，下载进度条很喜人：
但是，这个时候会引入另外一个问题，如下:
新的问题需要新的解决方案，我们下回再讲。
本文参与 腾讯云自媒体分享计划，分享自微信公众号。
原始发表：2018-11-28，如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除
评论
登录后参与评论
推荐阅读