Cytoscape: MCODE增强包的网络模块化分析
之前的教程提供了Cytoscape基础和视频、R igraph包的网络构建方法，那么在我们得到network图之后，还可以进行深一步分析，今天给大家带来基于Cytoscape软件下MCODE增强包的模块化分析。
首先我们需要下载Cytoscape的增强包MCODE，在Cytoscape官网或者软件的APP里都能找到。
下载好后，我们可以打开一个现有的network。安装好后我们可以在APP中可以看到MCODE增强包
这个network是我之前准备好的，外圈为细菌，内圈为真菌。然后直接用MCODE分析就好了。参数可以按照自己选择自行设置。大部分文章都是默认值。
在右边可以看到结果与得分
然后我们可以把他们输出出来加工成图，下面是我加工后的成图，一共6个处理。最终我们就得到了一个一个关联非常相近的小群体。
讲了这么多，可能有人会问，这个分析有什么用？
如果你分析的是单纯的微生物群组或者基因，这个分析主要能够帮我们发现在network中联系更紧密的群组或者基因。看一看每一个submodule中，菌种或者基因之间的相互作用。比较详细点的例子，大家可以仔细阅读Halary et al. (2010) Network analyses structure genetic diversity in independent genetic worlds. PNAS 107 127-132. doi.10.1073/pnas.0908978107
也有文章在分析中加入了环境指标，如Banerjee et al. 发表在EM上的一篇文章， 详细的揭示了环境指标是如何通过影响submodules来影响整个network的。
如果大家感兴趣可以阅读一下此文。Banerjee et al. 2016 Determinants of bacterial communities in Canadian agroforestry systems. Environmental Microbiology (2016) 18(6), 1805–1816. doi. 10.1111/1462-2920.12986.
Cytoscape网络图
Cytoscape网络图
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