Python从零开始第五章生物信息学（3）：查询目录正文
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用户1359560
发布于 2018-12-24 10:05:34
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正文
- 导入必须的python包
from bioservices.kegg import KEGG
s = KEGG()KEGG拥有许多数据库。 该列表可以在属性bioservices.kegg.KEGG.databases中找到。 可以使用bioservices.kegg.KEGG.list（）方法查询每个数据库：
- 数据库列表
s.list("organism")通常，方法需要访问在线KEGG数据库，因此需要时间。 例如，上面的命令需要几秒钟。 但是，有些是缓冲的，所以下次调用它时会更快。另一个有用的别名是检索所有通路ID的通道ID。 但是，必须首先指定您感兴趣的生物体。从上面的命令我们知道hsa（人类）是有效的生物体ID，所以让我们设置它然后获取路径列表：
s.organism = "hsa"
s.pathwayIds
根据上图可以看出，共计统计三百三十个人类的kegg通路
KEGG API提供的另一个功能是bioservices.kegg.KEGG.get（）查询特定条目。 在这里，我们对人类基因感兴趣，代码为7535：
b = s.get("hsa:7535") #hsa:7535 is also known as ZAP70
上图与我们从kegg官网得到的结果类似。
- bioservices.kegg.KEGG.find（）方法可以非常方便地搜索不同数据库中的条目。 例如，如果您想知道人体组织中名为ZAP70的基因条目的代码，请键入：
s.find("hsa", "zap70")
Out[6]: 'hsa:7535\tZAP70, ADMIO2, IMD48, SRK, STCD, STD, TZK, ZAP-70; zeta chain of T cell receptor associated protein kinase 70\n'- 搜索同一基因在不同物种的keggID注释
s.lookfor_organism("droso")
Out[8]:
['T00030 dme Drosophila melanogaster (fruit fly) Eukaryotes;Animals;Arthropods;Insects',
'T01032 dpo Drosophila pseudoobscura pseudoobscura Eukaryotes;Animals;Arthropods;Insects',
'T01059 dan Drosophila ananassae Eukaryotes;Animals;Arthropods;Insects',
'T01060 der Drosophila erecta Eukaryotes;Animals;Arthropods;Insects',
'T01063 dpe Drosophila persimilis Eukaryotes;Animals;Arthropods;Insects',
'T01064 dse Drosophila sechellia Eukaryotes;Animals;Arthropods;Insects',
'T01065 dsi Drosophila simulans Eukaryotes;Animals;Arthropods;Insects',
'T01067 dwi Drosophila willistoni Eukaryotes;Animals;Arthropods;Insects'.....]寻找途径非常相似。 您可以使用上面的find方法：
print(s.find("pathway", "T+cell"))
path:map04110 Cell cycle
path:map04111 Cell cycle - yeast
path:map04658 Th1 and Th2 cell differentiation
path:map04659 Th17 cell differentiation
path:map04660 T cell receptor signaling pathway
path:map04662 B cell receptor signaling pathway可以通过这种搜索方式搜索包含T 以及 cell的kegg通路
- 请注意，如果没有+号，将获得包含T或CELL的所有路径。
print(s.find("pathway", "T cell"))
path:map04110 Cell cycle
path:map04111 Cell cycle - yeast
path:map04112 Cell cycle - Caulobacter
path:map04218 Cellular senescence
path:map04514 Cell adhesion molecules (CAMs)
path:map04550 Signaling pathways regulating pluripotency of stem cells
path:map04640 Hematopoietic cell lineage
path:map04650 Natural killer cell mediated cytotoxicity
path:map04658 Th1 and Th2 cell differentiation
path:map04659 Th17 cell differentiation- 更精确的搜索
s.lookfor_pathway("B cell")
Out[13]: ['path:map04662 B cell receptor signaling pathway']- 通过基因名搜索kegg通路
s.find("hsa", "zap70")
Out[14]: 'hsa:7535\tZAP70, ADMIO2, IMD48, SRK, STCD, STD, TZK, ZAP-70; zeta chain of T cell receptor associated protein kinase 70\n'- 通过基因的keggID或者基因名搜索kegg通路
res = s.get_pathway_by_gene("7535", "hsa")
res
Out[16]:
{'hsa04014': 'Ras signaling pathway',
'hsa04064': 'NF-kappa B signaling pathway',
'hsa04650': 'Natural killer cell mediated cytotoxicity',
'hsa04658': 'Th1 and Th2 cell differentiation',
'hsa04659': 'Th17 cell differentiation',
'hsa04660': 'T cell receptor signaling pathway',
'hsa05340': 'Primary immunodeficiency'}s.get_pathway_by_gene("zap70", "hsa")
Out[17]:
{'hsa04014': 'Ras signaling pathway',
'hsa04064': 'NF-kappa B signaling pathway',
'hsa04650': 'Natural killer cell mediated cytotoxicity',
'hsa04658': 'Th1 and Th2 cell differentiation',
'hsa04659': 'Th17 cell differentiation',
'hsa04660': 'T cell receptor signaling pathway',
'hsa05340': 'Primary immunodeficiency'}本文参与 腾讯云自媒体分享计划，分享自作者个人站点/博客。
原始发表：2018.12.09 ，如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除
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