Fastqc安装中可能遇到的问题

一、安装JAVA环境 这一步个人并非按照xiaoming老师的步骤所做，而是直接输入sudo apt-get install default-jre完成，因为并不确定该方法是否会造成某些问题，大家姑且当做优先级较低的那一个吧

二、FastQC的安装 step 1:下载安装包 输入wget http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.7.zip得到安装包，wget命令下载的文件默认是保存在当前目录下，实在找不到的同学可通过图形界面中文档自带的搜索功能进行搜索找到安装包的路径。

step 2：解压安装包 解压（根据你自己的路径进行解压），我的是输入unzip ~/seqs/fastqc_v0.11.7.zip -d ~/Biosofts

step 3：更改fastqc权限 如果直接运行~、Biosofts/FastQC/fastqc -h，那么问题来了：此时会提示“权限不够”或"permission denied” 所以我们的解决方法就是更改文件权限chmod 755 fastqc

step 4：加入环境变量 echo命令输入环境变量echo 'export PATH=~/Biosofts/FastQC:$PATH' >>~/.bashrc，再用nano ~/.bashrc或less ~/.bashrc在文档末尾查看是否成功输入。执行环境变量source ~/.bashrc,尝试fastqc -h成功即可

三、试运行FastQC 创建一个文件夹result，mkdir result 运行FastQC，fastqc -f fastq -o ~/seqs/result ~/seqs/SRR6208854_1.fastq.gz 分析结束后，在result文件夹中会出现SRR6208854_1_fastqc.html这类以html为后缀名的文件，在图形界面点开即可看到该序列的分析结果啦；另一个压缩文件是具体数据。

以上就是我的分享，如有疏漏还请在评论区留言指正

全文结束,欢迎在评论区讨论~