prefetch命令下载SRA文件

除了利用ascp命令从NCBI下载SRA文件外，SRAtoolkit也提供了prefetch命令用于下载SRA文件。

prefetch命令用法如下：

Usage:
  prefetch [options] <SRA accession | kart file> [...]
  Download SRA or dbGaP files and their dependencies

  prefetch [options] <SRA file> [...]
  Check SRA file for missed dependencies and download them

  prefetch --list <kart file> [...]
  List the content of a kart file

prefetch命令下载一个SRA文件：

prefetch SRR6232298

结果如下：

image.png

• 注意：如果安装了Aspera，prefetch会优先用ascp协议下载 2018-10-16T01:43:06 prefetch.2.9.2: Downloading via fasp...
• 而SRA文件会默认下载在~/ncbi/public/sra 目录下

prefetch命令下载多个SRA文件：

1. 从NCBI网站下载SRA accession no.的列表文件 比如，这是一个Bioproject的相关信息页面： https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study/?acc=DRP002849 在页面下面列出了所有相关SRA文件信息

image.png

点accession list，将下载得到的文本文件上传到服务器/home/Seqs目录

2. 从NCBI网站下载SRA accession no.的列表文件 运行命令:

prefetch --option-file Seqs/SRR_lists.txt

SRR_lists.txt就是刚刚从网站下载的accession list；运行结果：

image.png

详细说明参见官方Documentation： https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=toolkit_doc&f=prefetch

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