linux环境下R语言的安装运行以及程序包的下载

R是一种多功能型统计绘图软件,可以方便的编写函数、建立模型,具有良好的扩展性。目前在R网站上约有2400个程序包,涵盖了基础统计学、社会学、经济学、生态学、空间分析、系统发育分析、生物信息学等诸多方面。R可在多种操作系统下运行,如Windows、MacOS、Linux和UNIX等。R即时解释,输入命令,即可获得相应结果。

1.R语言安装

首先在终端输入 R ,如没有安装则运行 sudo apt install r-base-core

lihan@lihan-virtual-machine:~$ R

Command 'R' not found, but can be installed with:

sudo apt install r-base-core

安装完成之后,输入R即可进入R语言的操作平台。

lihan@lihan-virtual-machine:~$ R

R version 3.4.4 (2018-03-15) -- "Someone to Lean On"
Copyright (C) 2018 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

R是自由软件,不带任何担保。
在某些条件下你可以将其自由散布。
用'license()'或'licence()'来看散布的详细条件。

R是个合作计划,有许多人为之做出了贡献.
用'contributors()'来看合作者的详细情况
用'citation()'会告诉你如何在出版物中正确地引用R或R程序包。

用'demo()'来看一些示范程序,用'help()'来阅读在线帮助文件,或
用'help.start()'通过HTML浏览器来看帮助文件。
用'q()'退出R.

>

2.R软件包的下载与安装

R语言提供了许多关于数据处理与分析的软件包,我们可以在光标处输入以下命令来查看R语言已经自带的软件包

> .packages(all.available=T)
 [1] "ade4"       "littler"    "base"       "boot"       "class"     
 [6] "cluster"    "codetools"  "compiler"   "datasets"   "foreign"   
[11] "graphics"   "grDevices"  "grid"       "KernSmooth" "lattice"   
[16] "MASS"       "Matrix"     "methods"    "mgcv"       "nlme"      
[21] "nnet"       "parallel"   "rpart"      "spatial"    "splines"   
[26] "stats"      "stats4"     "survival"   "tcltk"      "tools"     
[31] "utils"

若要下载其它软件包,我们可以通过输入install.packages("软件包名")来实现在线下载。 我们以picante软件包为例,输入

> install.packages("picante",destdir="~/disk/R",lib="~/disk/R/PICANTE")

这里我们通过设置destdir、和lib参数分别设置该R软件压缩包的下载位置以及解压之后的位置,以便我们之后更方便的找到相应压缩包进行安装。 下载成功之后我们进入~/disk/R目录下,找到了我们下载好的安装包picante_1.7.tar.gz,同时系统也相应的为我们下载了相应的依赖包

lihan@lihan-virtual-machine:~/disk/R$ ls
ape_5.2.tar.gz        PICANTE             Rcpp_1.0.0.tar.gz
permute_0.9-4.tar.gz  picante_1.7.tar.gz  vegan_2.5-3.tar.gz

此时我们输入

sudo R CMD INSTALL picante_1.7.tar.gz

从而将软件包安装到R语言中 最后我们进入R语言,输入 .packages(all.available=T)来查看我们下好的软件包

> .packages(all.available=T)
 [1] "ade4"       "ape"        "permute"    "picante"    "Rcpp"      
 [6] "vegan"      "littler"    "base"       "boot"       "class"     
[11] "cluster"    "codetools"  "compiler"   "datasets"   "foreign"   
[16] "graphics"   "grDevices"  "grid"       "KernSmooth" "lattice"   
[21] "MASS"       "Matrix"     "methods"    "mgcv"       "nlme"      
[26] "nnet"       "parallel"   "rpart"      "spatial"    "splines"   
[31] "stats"      "stats4"     "survival"   "tcltk"      "tools"     
[36] "utils"

此时我们可以看到"picante"软件包已经下好了 若想要知道该软件包的基本信息和使用说明,我们可以输入

> library(help="picante")
关于程辑包‘picante’的信息

描述:

Package:            picante
Type:               Package
Title:              Integrating Phylogenies and Ecology
Version:            1.7
Date:               2018-05-01
Author:             Steven W. Kembel <steve.kembel@gmail.com>, David D.
                    Ackerly <dackerly@berkeley.edu>, Simon P. Blomberg
                    <s.blomberg1@uq.edu.au>, Will K. Cornwell
                    <cornwell@zoology.ubc.ca>, Peter D. Cowan
                    <pdc@berkeley.edu>, Matthew R. Helmus
                    <mrhelmus@wisc.edu>, Helene Morlon
                    <morlon.helene@gmail.com>, Campbell O. Webb
                    <cwebb@oeb.harvard.edu>
Maintainer:         Steven W. Kembel <steve.kembel@gmail.com>
Depends:            ape, vegan, nlme, methods
Suggests:           brglm, circular, corpcor, quantreg
Description:        Functions for phylocom integration, community
                    analyses, null-models, traits and evolution.
                    Implements numerous ecophylogenetic approaches
                    including measures of community phylogenetic and
                    trait diversity, phylogenetic signal, estimation of
                    trait values for unobserved taxa, null models for

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