另外还有http://www.bioinformatics.utep.edu/BIMER/tools/msa.html
https://www.expasy.org/genomics/sequence_alignment
DNA多序列比对,推荐 MUSCLE or MAFFT. 蛋白质多序列比对推荐 Clustal Omega.
其中Clustal有Clustal Omega,ClustalW和ClustalX3个版本。目前ClustalW2已经不再提供在线服务。
下载地址为http://www.clustal.org/download/current/
ClustalX
下载Clustalx-2.1-win.msi进行安装,窗口界面如下:
界面
载入一个文件,显示如下
image.png
Alignment进行比对:Alignment--Do complete alignment,结果如下
结果解释 “*”表示该列氨基酸完全一致 “:”表示该列不完全一致,但有高度保守的氨基酸 “.”表示虽不完全一致,但含有一般保守的氨基酸 空白表示该列氨基酸序列差异较大 对每列来说,颜色表示氨基酸的差异,其中空位用“-”表示 下方的柱状图(灰色柱子)代表序列区段的保守性,越保守越高。 对结果进行输出可构建进化树