专栏首页Y大宽0️⃣ 序列比对的概念

0️⃣ 序列比对的概念

序列比对sequence alignment

概念:通过在序列中搜索一系列单个性状或性状模式来比较2个(双序列比对)或更多(多序列比对)序列的方法。 目的: 通过对比不同物种序列的相似性判断他们没之间是否具有同源性。

相似性similarity和同源性homology是序列比较和分析的基础。关于两者区别和联系请参照我之前的博文。 简单来说, 相似性指序列比对过程中用来描述检测序列和目标序列之间相同DNA碱基或氨基酸残基顺序占的比例高低。 同源性是序列同源或不同源的一种论断,是个定性的概念,没有度的差异,而相似性是量化的。 也就是说两条序列要么同源要么不同源,不可能具有多或少的数量关系。

同源序列分为直系同源和旁系同源。直系同源体通常有相同或相似的功能,但旁系同源提不一定,进化上讲,由于缺乏原始的自然选择的力量,繁殖出的基因副本可以自由的变异并获得新的功能。

进行相似性比对,有以下算法

1 空位罚分

2 替换记分矩阵

本文参与腾讯云自媒体分享计划,欢迎正在阅读的你也加入,一起分享。

我来说两句

0 条评论
登录 后参与评论

相关文章

  • “序列分析基础”是什么

    小伙伴的某个考试有少部分生物信息学内容,她没涉及过这些内容。但有个大概复习大纲,其中有一些题目。因为时间紧迫,我就直接给她讲了讲。但是有一个题,题目是《序列分析...

    Y大宽
  • 2️⃣ 双序列比对(1):算法及数据库

    注意:动态规划和BLAST适用于不同比对情况。前者适合较少量序列间比对,BLAST适合从一组大量序列中搜索与查询相似的序列

    Y大宽
  • 3️⃣ 多序列比对(1):简介

    多序列比对是对3条以上(包括3条)DNA,RNA或蛋白序列进行比对。基础仍然是双序列比对。 具体就是对多条序列插入空位,是的插入空位后的全局比对结果有相同的长...

    Y大宽
  • “序列分析基础”是什么

    小伙伴的某个考试有少部分生物信息学内容,她没涉及过这些内容。但有个大概复习大纲,其中有一些题目。因为时间紧迫,我就直接给她讲了讲。但是有一个题,题目是《序列分析...

    Y大宽
  • 时间序列分析:对非平稳时间序列进行建模

    编者按 曾经有位小伙伴在公众号留言提问:如何做时间序列分析?最近C君发现了一篇文章,也许可以解答这个问题,收录在此,以飨读者。本文来自于数据人网。 如果你有数据...

    CDA数据分析师
  • 进化树构建的基本过程(上)

    通过进化树,我们可以得到一些非常有价值的信息,比如说某几个物种在同一分支上,说明他们有着较近的亲缘关系,更有可能他们之间存在着祖先与进化的关系。比如最近来势汹汹...

    医学数据库百科
  • 生物信息学初识篇——第二章:序列比对(5)

    在 EMBL Clustal Omega 比对结果的 Result Summary 标签下有Jalview按钮。这个按钮可以快速启动 Jalview,但这里启动...

    DoubleHelix
  • 2️⃣ 双序列比对(1):算法及数据库

    注意:动态规划和BLAST适用于不同比对情况。前者适合较少量序列间比对,BLAST适合从一组大量序列中搜索与查询相似的序列

    Y大宽
  • 数据分析之时间序列分析

    顾名思义,时间序列就是按照时间顺利排列的一组数据序列。时间序列分析就是发现这组数据的变动规律并用于预测的统计技术。该技术有以下三个基本特点:

    黄成甲
  • 如何把时间序列问题转化为监督学习问题?通俗易懂的 Python 教程

    AI 研习社按:本文作者 Jason Brownlee 为澳大利亚知名机器学习专家,对时间序列预测尤有心得。原文发布于其博客。AI 研习社编译。 ? Jaso...

    AI研习社

扫码关注云+社区

领取腾讯云代金券