TCGA数据下载：R包TCGAbiolinks介绍
TCGA数据下载：R包TCGAbiolinks介绍
努力在北京混出人样
发布于 2019-02-18 15:18:45
发布于 2019-02-18 15:18:45
昨天介绍了TCGA2STAT这个R包，今天来继续根据博文 TCGA数据下载方法简介中的顺序来介绍R包TCGAbiolinks包，其下载数据类型类似于TCGA2STAT，但是又比它难懂。
R包的下载
## try http:// if https:// URLs are not supported
source("https://bioc.ism.ac.jp/biocLite.R")
biocLite("TCGAbiolinks")涉及的包很多，可能很久才能下载完，下载建议使用R，不要用Rstudio，效果更好。
可下载的数据
这里请参考TCGA2STAT对数据的介绍。TCGAbiolinks包的最新文档http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/manuals/TCGAbiolinks/man/TCGAbiolinks.pdf ，对下载数据做了介绍，还有涉及到不同的平台，下载什么样的数据。
一个案例
query <- GDCquery(project = "TCGA-ACC",data.category = "Copy Number Variation",data.type = "Copy Number Segment")
GDCdownload(query)query.met <- GDCquery(project = "TCGA-GBM",legacy = TRUE,data.category = "DNA methylation",platform = "Illumina Human Methylation 450")
GDCdownload(query)具体的情况，请多做实验来验证。
本文参与 腾讯云自媒体分享计划，分享自作者个人站点/博客。
原始发表：2016年10月14日，如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除
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