5️⃣蛋白质的特征信息3:卷曲螺旋预测

序列比对和序列特征分析总目录

卷曲螺旋是蛋白质中的结构motif，其中2-7个α-螺旋像绳索一样缠绕在一起，其中最常见的类型是二聚体和三聚体。卷曲螺旋区域一般由7个氨基酸残基的单位组成，分别以abcdefg表示各个氨基酸残基位置，其中，ad位置的一般为疏水性氨基酸，其他位置为亲水性氨基酸。 许多卷曲螺旋型蛋白质参与重要的生物学功能，例如基因表达的调节的转录因子。 比如c-Fos和c-jun。

coiled coil

在线工具：COILS

input

参数设置

• 因为卷曲螺旋一般由7个氨基酸构成，所以该选项都是7的倍数。默认全部窗口
• 矩阵matrix：coils提供两个打分矩阵，分别为MTIDK和MTK.默认MTIDK
• 权重weight。用于调整卷曲螺旋ad位置疏水氨基酸的权重，有两个选项，yes表示相比其他位置的氨基酸，ad位置指定为2.5倍的权重，选择no，则是所有位置的氨基酸残基指定相同的权重。默认no。如果在卷曲螺旋中ad位置为亲水性氨基酸，则选择
• 查询序列名称
• 输入序列格式，以下六种

结果

以HUMAN c-fos为例

cfos

结果解释

• 三条曲线分别代表window width为14，21，28时预测卷曲螺旋的位置。图中可见，预测出1个卷曲螺旋。
• 窗口选择数值不一样，结果有差别。

详细具体的参数设置和结果解释