蛋白质是生命功能的执行者,一切生命活动都与蛋白质有关。
我们知道,蛋白质结构分为一级结构和空间结构,而空间结构包含二级三级和四级结构,空间结构是蛋白质功能的关键。而一级结构又决定空间结构,也就是说空间结构的信息蕴藏在一级结构中。
一级结构指的是蛋白质中氨基酸的排列顺序,和DNA一级结构一致。
也就是说蛋白质发挥什么功能,基本在一级结构中就确定了。
对蛋白质序列进行基本信息分析可以帮助了解蛋白质的基本信息。这主要有分子量,等电点pI,氨基酸组成,亲疏水性质等的分析。
ExPASy提供一系列的蛋白质厉害性质的工具,包含的蛋白分析工具十分全面。瑞士生物信息学研究院进行维护,和前述的EBI和PIR联合组成了UniProt数据库。
注意:网站声明tools页面不再进行更新,但链接依然生效。
ExPASy
该工具通过将未知的氨基酸组成百分比与Uniprot数据库中的蛋白质理论氨基酸组成百分比进行匹配,从而对未知蛋白质进行鉴定识别
AACompIdent
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结果之一如下
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说明,邮件会有三张表格分别解释如下
包括氨基酸组成,pI,MW,消光系数,亲/疏水性。
工具:ProParam
提交的格式可以是Swissprot的记录号也可以是氨基酸序列,输入一段TIGD1序列,提交,结果如下
部分结果解释
疏水性氨基酸具有相互聚合隐藏到蛋白质分子内部的趋势,这种力称为疏水作用力,维持蛋白质三级结构的主要作用力。因为氨基酸的亲疏水性是构成蛋白质折叠的主要驱动力之一,因此蛋白质亲水性分布可以反映蛋白质的折叠情况。 蛋白质总体折叠结构是亲水基团向外,疏水基团向内,并在跨膜区形成高疏水值区域,据此可以测定蛋白质的跨膜螺旋等二级结构的位置。
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结果说明