医检所女子图鉴 （1）秦医生提出的问题

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以下是原文

下午一点四十分，一辆蓝色电动出租车悄然停在医院的南门前。大门外墙上钉着一块棕色金属标牌，上面几个金色醒目大字：滨海市肿瘤医院。

小薰从副驾透过车窗，看到掩映在郁郁葱葱的树后面的大楼。

“很抱歉，正门那条路上停车太多，车不好停，只好辛苦你们了”。计价器上显示45元。小薰取出手机刷了司机二维码。“麻烦您撕张票”，张小谦在后排说。

小熏先下了车，向门岗里的保安表明了来意，随后张小谦和背着双肩包挎着资料袋的销售员小刘下了车。三人进了院子，沿着绿茵夹道的路上坡。转了两个弯，一栋建在花坛后面的大楼映入眼帘，楼身上写着醒目的“科教楼”。

小薰望着眼前这栋楼，心中有一点忐忑。今天是小薰入职滨海市西格玛医学检验所的第一天，这是她从滨海市医科大学硕士毕业以后的找到的第一份工作：技术支持部的技术工程师，也就是跟进业务的技术执行情况，负责与客户沟通需求以及解释结果。

今早九点，张小谦才向同事们介绍了她。十点钟，负责接待和介绍实验室的小李带着她穿上防尘外套和一次性鞋子，参观了检验所的实验室。十一点时，未来的搭档小刘给她一堆公司的产品资料让她熟悉一下。

中午，她盘算着下午茶到底应该帮大家点哪家饮料，这时张小谦走过来叫她，吃完饭马上要出发，要她和小刘带着资料，一起来滨海市肿瘤医院做一场工作交流报告。小熏作为新人必须尽快熟悉检验所的日常业务。

小薰刚入职的这家西格玛医检所非常忙碌，每天要接收来自全国各地办事处寄来的几百例样本。每天清晨刚过八点半，客户中心部的销售助理小丹和小梅放下前台的电话，会推着推车去电梯口迎接快递员小李。回到办公室的专用桌旁边后，麻利的裁开包装箱，小丹拿着镊子戴上手套开始清点样本，小梅则拿着记录纸一起核对样本的保存状态、数量和标签，然后在系统中录入信息。小梅录入一个样本，小丹拿着样本管核对一遍，确定没问题，小梅才执行提交动作。

经过一个多小时紧张的录入结束，流程被提交给实验部的样本流程负责人阿肖。阿肖按照样本信息安排各类样本进入不同的标本制备区域。他统筹了前一天未完成操作的样本，然后将整理好的样本送进实验室，之后在流程上下达了执行指令。

DNA抽提区、打断区、文库制备区、文库扩增区、测序区的技术员们依次忙碌了起来。第三杯咖啡刚刚喝了一口，下午三点十五分，手机上的一个信息提醒数据管理部的阿伟再次回到自己的电脑前面。于是他点击了“数据质量控制”按钮。

晚上九点五十分，在外面忙碌了一天的销售老徐回到家，走进卧室看了一眼已经熟睡的孩子，轻轻关上门，打开客厅的电脑，开始读项目总结报告。大客户经理张小谦往往才是最晚休息的那个人，除了客户管理工作，她还要去协调技术支持部和销售部的工作配合，每个月末还要对项目成员的工作进行指导和考核。她对新人小薰提出的第一个要求，就是通过技术工程师这个角色，快速融入到这个团队中来。

三人进了科教楼，待张小谦与对接医生电话联系好后，她们乘电梯来到十三楼。

出了电梯，小薰好奇地环顾四周。电梯正对的墙上有一个醒目标牌：“滨海市肺癌临床诊疗研究中心”。这家院内研究中心目前正在寻找一家主营基因检测的检验所合作。张小谦前阵子通过努力和这个中心的一位专家取得良好接触，因此争取到了今天这个见面的机会。对今天的会面，张小谦有一定的把握得到积极的结果。

张小谦在西格玛医学检验所已经待了9年，从生信分析员开始做起，一步步到现在的大客户经理。小薰毕业前，张小谦问她团队里面还有个位置是否有兴趣？小薰向师哥师姐们咨询了这家检验所的基本情况，就跑过来参加面试。

张小谦是在一次学术会议的论坛上认识了还是在校生的小薰。小薰那天对张小谦关于癌症靶向用药进展的讲座内容很感兴趣，也很欣赏张小谦的清晰务实的讲课风格。她在讲座结束后总结了一些技术上的问题，然后去和张小谦聊了挺久。张小谦也对这个小丫头印象比较好，所以她们后来一直都有保持联系。

在小薰四处张望时，一位看起来不到三十岁，身材偏瘦爽快干练的男医生小跑过来，与她们打了招呼：“请问是西格玛医学检验所的专家吧？你们好，我是秦医生，我们孙主任正在十二楼开会，我先带你们去休息室等他。“

半个多小时后，秦医生推开了休息室的门。小刘不好意思的说，“不好意思呀，我们小姑娘又去洗手间啦。”秦医生笑了笑说主任请你们过去。稍后小薰归队，秦医生引领三人走向十三楼另一头的一扇大门。门口牌子上标注着第一报告厅。

报告厅已经有十几人，孙主任坐在报告厅第一排的正中间。这位儒雅医生看来五十多岁，头发整齐花白，白衣略旧但整洁，金边眼镜后面的眼睛笑起来有种魅力。

“抱歉让你们久等啦，我们一讨论起来就忘记了时间”，孙主任起身，“投影仪准备好了，你们随时可以开始。”

小薰和小刘急忙取出产品资料，依次发到每个人的手中。

张小谦则将笔记本电脑链接上投影，调整好就打开了PPT的第一页。她站的笔直面向大家，微笑中略透出自信，开始正题。

“孙主任，各位老师，大家下午好！非常感谢您百忙之中，抽出时间来听我们的报告。我是张小谦，代表西格玛医学检验所来跟大家交流。

“首先，我会向大家简单介绍我们西格玛医学检验所的情况，我们最近在各个检测领域获得的资质，我也会分享一些最近的成功案例，我相信对大家的研究可能会有一些帮助。

“我之前也跟咱们孙主任联系过，经主任同意，我会向贵中心的各位同事全面介绍一下我们关于基因检测和数据解读以及数据存储的解决方案的初步设想。如果大家认可我们的工作，会后我希望能和孙主任和几位领导讨论一下咱们两家可以以什么形式开展合作，今早开始协助在座各位专家的工作。我估计总共大约需要一个半小时，请问大家时间是否合适？”

孙主任表示没有问题，同时接过话来，转身跟大家介绍了西格玛检验所的一些情况以及特色。之后他也跟张小谦简单介绍了中心的一些情况和成绩，同时介绍了坐在一起的其他几位专家。据孙主任介绍，小薰了解到这个临床诊疗中心是07年就建立的，已经有了十几年的历史，是东部地区最大的肿瘤综合治疗单位，也是国内首批整合了胸外科、影像科、病理科和肿瘤科的多学科综合诊疗模式的临床中心。

”如果能和这么优秀的团队取得合作，那这个学习的机会实在是太难得了。“小薰在每个人身边轻轻放下资料，不敢直视对方，手有点抖，觉得心跳有点加快。小刘觉察到了她的不自然，递了一个眼色，小薰心里有点怪自己，“怎么长这么大了还紧张，不可以掉链子。”

等发完资料，张小谦就公司软硬件设备，人员构成，检验所的发展历程，目前开展的业务，擅长的疾病领域，以往的在肿瘤的临床成功案例以及用户已发表的文章展开了说明。孙主任和各位医生边听边做记录。

在上车之前，小薰自己做过一些功课。孙主任在早年曾先后在美国休斯顿的德州大学MD安德森癌症中心，特拉维夫大学附属特拉维夫医学中心做临床研究，01年回国以后就在这家医院的肿瘤科做临床科研工作，以主要研究者之一参与国际多中心临床研究， 05年作为第一负责人承担国家863重大课题的子课题，取得了很好的临床成果，到了12年开始担任这个研究中心主任。而这位小秦医生，是孙主任实验室里的博士后，去年从哈佛大学公共卫生学院博士毕业就到了中心，作为团队的学术骨干，目前的研究方向是肺癌的个性化治疗。

时间过去了大概四十分钟。”而且我还有一个设想，”张小谦接着说，“请大家看这一页：在这一张图上，我列了一个比较详细的计划表，如果我们可以联手起来，就可以利用目前手中的数据挖掘专利技术在咱们临床端样本中发现更多驱动变异，完善耐药机制，进一步调整治疗策略。

“我们还可以共建一个非常专业的肿瘤临床的知识数据库，这样就可以开放给更多医院使用，我们可以依托这个平台掌握话语权，制定更合理的临床指引。总之，一切都是为了让我们临床医生给患者提供更好的决策。

“以上就是我们的初步设想，请问大家有什么疑问？”

会议室里很安静，大家都没有做声。孙主任放下手中的笔，抬头说：“嗯，这份方案看起来，的确做的比较详细。有几个地方可能还需要再回头再去仔细研究学习。但是我们应该不会因为方案看起来详细，就和检验所取得合作。我先提几个问题，抛砖引玉，大家接下来有什么问题可以继续发问。”

小薰不禁担心起来。“哎呀，会不会出了什么问题？主任是不是要质疑我们的想法？”

孙主任缓缓的说到，“第一个问题，临床上的医学检验要求的不是一次或部分的漂亮的结果，而是能够完重复的最佳检测性能。我们也接触过一些检验所，很多检验所给我们展示的数据，都是挑选了比较漂亮的结果，也给我们看过很多的成功案例。但我其实更加关心你们的检测质量怎么样？质控水准能不能保持？”

张小谦等了一下，确定主任没有继续问下去，然后回答道：“主任的问题非常好，也非常尖锐。我的回答是积极的。临床检验工作必须建立一些基本原则。对于基因检测，我们可以提供的性能指标是：报告范围、分析敏感性、特异性、阳性预测值、检测限等指标。

“在我们所接触到的几万例肿瘤高通量测序样本中，比较常见的样本类型是新鲜组织、石蜡包埋FFPE组织和血浆。不同类型的样本我们都有不同的SOP来分别进行性能指标的确认。比如FFPE提取出来的DNA片段常降解比较严重，DNA总量和纯度也比较低，过度固定会导致DNA上C突变为T造成假阳性。因此我们的标准是，DNA浓度和size必须符合标准才能进入下一环节，之后我们通过加深测序深度作为一种解决方案，如果NGS基因检测方法平均测序深度为1000×，那么检测限即可重复检测到变异的最低浓度水平就可以订为5%。其他还有很多技术参数和指标，在我们的官网上就可以查到。”

说着，张小谦在屏幕上点开公司的网站链接，孙主任和医生们看了点点头。

张小谦接着说，“很多医生比较关心服务。比如有人会问你，我们这里样本很多，要求也比较复杂，你们检验所可以全部满足吗？再比如说，医生会怀疑临床样本有低于性能指标的突变，他会问，你们会不会帮我们在测序深度和分析参数上调整一下？”

孙主任笑着问：“那你们会吗？”

张小谦说，“如果怀疑临床样本有低于性能指标的突变，比如1%，我们一般不会随意增加测序深度或者随意去修改分析的阈值。”

孙主任感到有些诧异：“哦？为什么？”

张小谦回答道：“因为不能简单认为通过增加测序深度或者调整阈值就一定能达到预期结果，也许有样本缺损和污染、DNA抽提、建库、试剂、计算工具的版本、部分区域的外显子覆盖不够，断点无法被探针有效捕获等客观因素，导致被检测对象实际上本身就是不完备的，所以我们必须要建立一个概念，改进工具并不能解决客观对象本身的缺陷，所以我们不能期望完全依赖NGS方法和数据分析系统来解决所有的问题。

“另外，基因组中一些串联重复序列，或者一些高CG基因比较难测，因此在日常检测中，我们会专门要求针对这部分区域采取第二种方案。例如在基因组浏览器工具中人工检查是否存在突变。除了高通量测序检测，对于某些存疑的结构变异或拷贝数变异，我们实验室的流程中还采用一代测序方法或FISH等方法来保证结果的可靠性。

“综上所述，我们会评价包括更高测序深度在内的检测性能，进行确认以后，在SOP中建立其他更敏感方法重复检测的程序。”

孙主任笑着说，“很不错。我们有机会去看看你们实验室吗？离这里远不远？大家还有没有哪些问题？” 另外几位博士生又问了几个关于PPT中没有看懂的几个问题。

这个时候秦医生悄悄问孙主任，咱们上周组会上遇到的那个案例，我能不能跟他们讨论一下？

孙主任看了看表，点点头说可以。

秦医生摘下眼镜，开始谈自己遇到的肺癌耐药病例。“请问，为了不遗漏主要内容，介意我们用笔记一下吗？”张小谦问道。

孙主任点点头。

小薰托着下巴听的正入迷，发现张小谦对她示意，她才想起来自己并非听众，赶紧手忙脚乱地从电脑包里面取出纸和笔。

秦医生说到，“我这里有一个女患者，66岁，胸闷气促、咯血就诊。辅助检查有这些：2018年9月胸部CT扫描检查提示左肺上叶肺门处肿块，考虑恶性。MRI检查提示脑内多转移可能。ECT检查提示左侧第4前肋骨及第7肋骨转移可能。病理报告提示是肺腺癌。

“这位患者做过gene panel 检测，但是并没有检测到可以靶向用药的变异。所以先后各种化疗方案，比如健泽+卡铂/顺铂，多烯紫杉醇+顺铂，PD1单抗都用过，患者肿瘤没有得到缓解。

”情况就是这样。如果这样的项目交给你们，我们希望得到各种治疗的可能，从你们的以往经验，那么你们可能会有哪些更广泛的推荐？”

小薰迅速的做着笔记。

孙主任接着说道：“除了张博士您刚才在报告中给我们展示的内容，我们还是想再看看有没有办法解决一些我们实际案例的问题，希望能看见你们一些独特的地方。”

“这样好不好”，张小谦说，“孙老师，秦博士，刚才我的同事把您的问题都记录下来了。我想我先不急于回答您这个问题。我想先回去查阅一下公司内部的一些资料库，大概有几万例的肺癌案例追踪。我查一查有没有共性的地方可以直接借鉴。另外一方面，我也与我们的数据解读部门讨论一下，看看我们这边可以分享多少耐药案例，以及相应耐药原因的探讨。”

张小谦又和孙主任一起确定了下周三再来汇报。秦医生送她们乘电梯离开，然后去见孙主任。孙主任问：“另外三家约的是什么时间？”