以GSE111229为例
方法一
下载有error可以:设置镜像、访问外国网站、rm(list=ls())一下重试…
library(GEOquery)
GSE_name = 'GSE111229'
options( 'download.file.method.GEOquery' = 'libcurl' ) #windows系统
gset <- getGEO( GSE_name, getGPL = F )
save( gset, file = 'gset.Rdata' )
gset包含下载的所有信息
由于gset是列表,故将其转为可操作的数据结构Gset
load("gset.Rdata")
Gset <- gset[[1]]
看一下pdata的结构,很明显是数据框
pdata<-pData(Gset)
class(pdata)
View(pdata)
dim(pdata)
colnames(pdata)
方法二