手把手教你用R语言下载TCGA数据库：RTCGA

各位科研芝士的朋友，大家好，今天我们继续在TCGA R包的海洋里遨游，作为TCGA下载专业户，我们继续分享tcga好用的工具包，今天的主角是RTCGA。RTCGA这个包工作流程如下：

该包实际上一系列根据数据类型分离的包，相当于要先下载这些离线数据R包之后再直接从离线数据包里面获取TCGA的所有数据。具体网址：

https://rtcga.github.io/RTCGA/index.html

下面开启你的R界面，学习该包：

1. 首先安装，因为我们是需要下载RNAseq数据，所以我们还需要安装RTCGA.mRNA包，同样借助BiocManager安装，前提也是你要安装好BiocManager，命令如下：

2. 加载该包：

OK，可以看到没有任何问题，这也表明，我们安装并成功加载该工具包。

3. 查看所包含的数据，用info（）命令：

结果如下：

4.这里以肺癌为例，提取芯片的表达数据，用expressionTCGA函数进行提取：

结果如下：

5. 对感兴趣基因提取相应的表达量。

结果如下：

6. 这里同样以肺癌为例，提取RNAseq的表达数据，用expressionTCGA函数进行提取：

结果如下：

7. 对感兴趣基因提取相应的RNAseq表达量，注意提取感兴趣的基因需要输入格式为：Gene Symbol|Entrz ID

结果如下：

获得了这个矩阵，就表示你的数据下载成功了！

OK，今天的教程主要是带大家体验TCGA基于R语言的第六种数据下载方式，下期我们继续推出TCGA的第七种编程方式下载，今天的数据下载先讲到这，下期再见。