前往小程序,Get更优阅读体验!
立即前往
首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布
社区首页 >专栏 >测试conda镜像问题

测试conda镜像问题

作者头像
生信技能树
发布2019-05-15 10:17:41
2.5K0
发布2019-05-15 10:17:41
举报
文章被收录于专栏:生信技能树

最近(2019-05-08 )很多人反映conda镜像挂掉的问题,所以我有必要给粉丝测试一下:

代码语言:javascript
复制
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

代码正常安装即可!

万一你没有把conda添加到环境变量,也可以重新安装,或者修改bashrc咯,我这里测试的用户就是 Ubuntu用户。

代码语言:javascript
复制
no change     /home/ubuntu/miniconda3/condabin/conda
no change     /home/ubuntu/miniconda3/bin/conda
no change     /home/ubuntu/miniconda3/bin/conda-env
no change     /home/ubuntu/miniconda3/bin/activate
no change     /home/ubuntu/miniconda3/bin/deactivate
no change     /home/ubuntu/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh
no change     /home/ubuntu/miniconda3/etc/fish/conf.d/conda.fish
no change     /home/ubuntu/miniconda3/shell/condabin/Conda.psm1
no change     /home/ubuntu/miniconda3/shell/condabin/conda-hook.ps1
no change     /home/ubuntu/miniconda3/lib/python3.7/site-packages/xonsh/conda.xsh
no change     /home/ubuntu/miniconda3/etc/profile.d/conda.csh
modified      /home/ubuntu/.bashrc

这个文件被修改的很复杂,一般人可能是看不懂的,当然,也不需要懂。

代码语言:javascript
复制
# >>> conda initialize >>>
# !! Contents within this block are managed by 'conda init' !!
__conda_setup="$('/home/ubuntu/miniconda3/bin/conda' 'shell.bash' 'hook' 2> /dev/null)"
if [ $? -eq 0 ]; then
    eval "$__conda_setup"
else
    if [ -f "/home/ubuntu/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh" ]; then
        . "/home/ubuntu/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh"
    else
        export PATH="/home/ubuntu/miniconda3/bin:$PATH"
    fi
fi
unset __conda_setup

默认的镜像可以查看: conda config --show channels

conda的base环境可以被抑制

这样就不用担心conda污染我们的系统了

代码语言:javascript
复制
source /home/ubuntu/.bashrc
conda config --set auto_activate_base false

尝试下载安装

首先测试 conda install numpy 发现速度非常棒!

代码语言:javascript
复制
  blas               pkgs/main/linux-64::blas-1.0-mkl
  intel-openmp       pkgs/main/linux-64::intel-openmp-2019.3-199
  libgfortran-ng     pkgs/main/linux-64::libgfortran-ng-7.3.0-hdf63c60_0
  mkl                pkgs/main/linux-64::mkl-2019.3-199
  mkl_fft            pkgs/main/linux-64::mkl_fft-1.0.12-py37ha843d7b_0
  mkl_random         pkgs/main/linux-64::mkl_random-1.0.2-py37hd81dba3_0
  numpy              pkgs/main/linux-64::numpy-1.16.3-py37h7e9f1db_0
  numpy-base         pkgs/main/linux-64::numpy-base-1.16.3-py37hde5b4d6_0

这个 mkl-2019.3 | 203.3 MB 都是几秒钟就下载OK了。

再尝试fastqc等生物信息学软件。

代码语言:javascript
复制
conda deactivate
conda create -n qc
conda activate qc
conda info
conda install  fastqc  -c bioconda

速度也飞快,这个时候我的镜像是:

代码语言:javascript
复制
custom_channels:
  pkgs/main: https://repo.anaconda.com
  pkgs/free: https://repo.anaconda.com
  pkgs/r: https://repo.anaconda.com
  pkgs/pro: https://repo.anaconda.com
custom_multichannels:
  defaults:
    - https://repo.anaconda.com/pkgs/main
    - https://repo.anaconda.com/pkgs/free
    - https://repo.anaconda.com/pkgs/r
  local:
debug: False
default_channels:
  - https://repo.anaconda.com/pkgs/main
  - https://repo.anaconda.com/pkgs/free
  - https://repo.anaconda.com/pkgs/r
default_python: 3.7

尝试修改镜像

首先看看清华镜像

代码语言:javascript
复制
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
conda config --show channels
conda deactivate
conda create -n qinghua
conda activate qinghua
conda install  fastqc  -c bioconda

虽然慢了一点,但实际上还是可以使用的!(据说一个月内会停止,请谨慎使用哦)

值得一提的是这个时候安装的是 openjdk-11.0.1 , 而 默认镜像安装的是:openjdk-8.0.152

再 看看腾讯的镜像:

代码语言:javascript
复制
conda config --add channels https://mirrors.cloud.tencent.com/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.cloud.tencent.com/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.cloud.tencent.com/anaconda/cloud/msys2/
conda config --add channels https://mirrors.cloud.tencent.com/anaconda/cloud/menpo/
conda config --add channels https://mirrors.cloud.tencent.com/anaconda/cloud/peterjc123/
conda config --add channels https://mirrors.cloud.tencent.com/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.cloud.tencent.com/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.cloud.tencent.com/anaconda/cloud/pytorch/
conda config --set show_channel_urls yes
conda config --show channels
conda deactivate
conda create -n tercent -y 
conda activate tercent 
conda install  fastqc  -c bioconda

是不可访问的!!

删除已经添加的镜像

既然腾讯镜像错误,那么就需要删除,其实就是编辑 文件 ~/.condarc 即可

代码语言:javascript
复制
conda config --show channels
本文参与 腾讯云自媒体同步曝光计划,分享自微信公众号。
原始发表:2019-05-08,如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

本文分享自 生信技能树 微信公众号,前往查看

如有侵权,请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。

本文参与 腾讯云自媒体同步曝光计划  ,欢迎热爱写作的你一起参与!

评论
登录后参与评论
0 条评论
热度
最新
推荐阅读
目录
  • conda的base环境可以被抑制
  • 尝试下载安装
  • 尝试修改镜像
  • 删除已经添加的镜像
领券
问题归档专栏文章快讯文章归档关键词归档开发者手册归档开发者手册 Section 归档