前往小程序,Get更优阅读体验!
立即前往
首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布
社区首页 >专栏 >生物信息学流程也可以是perl开发

生物信息学流程也可以是perl开发

作者头像
生信技能树
发布2019-05-15 10:18:40
6610
发布2019-05-15 10:18:40
举报
文章被收录于专栏:生信技能树

最近很多生物信息学流程框架出来了,主要是商业公司或者个别爱好者在学习,大部分朋友都还是shell脚本,一步步衔接即可。

不过今天看文章发现还是有人用perl在串流程,非常的眼熟,就推荐一下:

这个流程包含的步骤:

  • perform quality control on FastQ files (using FastQC)
  • align reads of each sample in a run against reference genome (using STAR) and add read groups (using Picard)
  • perform quality control on generated BAM files (using Picard)
  • count reads in features (using HTSeq-count)
  • normalize read counts (using DESeq)
  • calculate RPKMs (using edgeR)
  • perform DE analysis for standard designs (using DESeq2)
  • variant calling, filtering and annotation

代码超千行,满满的都是回忆:

结尾:

本文参与 腾讯云自媒体同步曝光计划,分享自微信公众号。
原始发表:2019-05-09,如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

本文分享自 生信技能树 微信公众号,前往查看

如有侵权,请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。

本文参与 腾讯云自媒体同步曝光计划  ,欢迎热爱写作的你一起参与!

评论
登录后参与评论
0 条评论
热度
最新
推荐阅读
领券
问题归档专栏文章快讯文章归档关键词归档开发者手册归档开发者手册 Section 归档