单基因生信分析流程(2)一文解决差异分析、基因相关分析问题

单基因生信分析流程(1)一文解决TCGA数据下载整理问题

单基因生信分析流程(2)一文解决差异分析和基因相关分析问题

本文目的

  • 学会如何使用差异分析
  • 学会绘制火山图和热图
  • 学会如何求取相关基因

第一招:差异分析

差异分析步骤总结

(1)读取基因表达矩阵 (2)根据基因表达量设置样本分组 (3)设置差异倍数、生成差异分析结果 (4)绘制火山图和热图

  • 加载所必须的包
# ===============================================================
setwd('D:\\train\\single_gene')
library(limma)
library(gplots)
library(edgeR)
library(dplyr)
library("edgeR")
rm(list=ls())
# ===============================================================
  • 设置分组,我们根据ERBB2基因的表达中位值,将样本分为ERBB2高表达组和ERBB2低表达组,通过求两组样本的差异基因,来对ERBB2的生物学功能进行分析。

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