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你打boss我捡宝贝可好-向R包作者致敬(R包安装)

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生信技能树
发布2019-05-22 16:47:28
7550
发布2019-05-22 16:47:28
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文章被收录于专栏:生信技能树

每一个我们现在听到的R包都是作者花费了很多心血的结果; 技能满点的神觉得我们凡人也有需求,就善良地分享出来; Then 我们可以不再吭哧吭哧看各种统计学的书,想各种画图的方法,直接加载R包读懂说明书拿来使用就好; 那么多口红色号都分得清清楚楚,那么多游戏操作都溜得令人发指,R包简直小case!!!

1.R包的重要性

R包

  • 包括代码(不仅是R代码)、说明文档(对包以及其功能)、数据集等;
  • 通过优化R的现有功能或添加新的功能来助力R

R包是这样的人写的

  • 当前R包满足不了自己的需求
  • 乐于分享,开源的精神,通过使用者的反馈来使自己进步
  • 每个写包的人都有自己的习惯,我们拿来主义,尊重作者习惯,会用即可且心存感激
的确如此,我们看一眼真实的同样很帅的形象之一:

http://www.ituring.com.cn/article/273090

2.R包的来源
  • CRAN( Comprehensive R Archive Network) CRAN是世界各地的ftp和Web服务器网络,为R存储相同的,最新的代码和文档版本,是R包的主要‘仓’,如果是专业相关(计算生物学和生物信息学),还需要关注Bioconductor;
代码语言:javascript
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####安装
install.packages('ggplot2')
####升级
update.packages('ggplot2')
####卸载
remove.packages('ggplot2')
  • bioconductor 基于R语言的生物信息软件包,主要用于生物数据的注释、分析、统计以及可视化,开源且不断更新; https://www.bioconductor.org/
代码语言:javascript
复制
if (!requireNamespace("BiocManager"))
    install.packages("BiocManager")
####安装个具体的包看看
BiocManager::install(c("GenomicFeatures", "AnnotationDbi"))
####查看现今已安装的bioconductor中的包,会询问是否需要对包进行更新
BiocManager::install()
####卸载的话,这个命令同样适用
remove.packages('GenomicFeatures')
  • github 这里不介绍devtools了,介绍另一个安装github R包的包(可以先不掌握) https://cran.r-project.org/web/packages/githubinstall/vignettes/githubinstall.html
代码语言:javascript
复制
####githubinstall允许只使用包名进行安装
library(githubinstall)
githubinstall("AnomalyDetection")
####卸载依然是这个remove.packages
remove.packages("AnomalyDetection")

  • 安装时候的报错
  • 搜到的我这边有用的解决方案 https://ask.csdn.net/questions/713186

本文参与 腾讯云自媒体同步曝光计划,分享自微信公众号。
原始发表:2019-05-22,如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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