DiseaseMeth 2.0:给你一个甲基化分析神器,让你和R“Say Goodbye”!

DNA甲基化,对于做科研的小伙伴们或多或少不陌生吧,而R语言复杂的代码加上报错也常常让小伙伴们怒砸键盘不已!今天,小编给大家分享一个神器,让你轻松搞定甲基化数据分析。当然,如果有小伙伴对甲基化概念不甚了解,可动动手去文末查看!

首先,还是上主页的图~依次有检索、分析、浏览器、数据下载四个菜单!

检索

我们先看看检索方式,一共三种:基因检索、疾病检索、高级检索

基因检索直接输入基因名,点击“search”。

在结果中,可以查看同一个基因在每一个癌种中的病例组和对照组的甲基化平均水平的差异。

点开“view profiles”,查看基因序列,以及CpG、DNase、TFBS在基因序列上的分布

下拉页面,可以做样本的增减和CpG、DNase、TFBS的隐藏。

另外一种基因检索方式是基因位点检索,输入起始位点和终止位点即可。

第二种检索方式是通过疾病检索,我们勾选胃癌,输入“TP53基因”,点击提交。

可以查看TP53基因在胃癌和对照组中表达的差异。

另外输出的是一幅甲基化差异的热图。

第三种检索方式是高级检索,相当于是检索条件更加精细。

分析

分析之前,需要对参数进行设置,比如我们选择了“胃癌”“TP53”,平台选择的450K的芯片,其他参数均为默认,也可以根据实际情况更改。然后点击“analysis”。

跳转页面后勾选甲基化位点,点击“analysis”。

继续点击“analysis”。

我们看看都可以做哪些分析~差异分析、疾病基因之间的关系、甲基化热图、生存分析、功能注释。

看看下图更直观明显~

分析一:病例组和对照组甲基化差异的比较

分析二:疾病与基因的关系

分析三:甲基化差异的热图,可以直接下载

分析四:生存分析

点击生存分析选项,提交后可得到胃癌中TP53基因表达差异的生存曲线

分析五:功能注释

跳转界面,大家应该非常熟悉了~DAVID,可以参考往期推文:DAVID&Metascape:专注于基因功能注释和富集通路分析的网站

浏览器

点开“DisMethBrowser”,加载的是之前分析的一个界面。

下拉后,可以在这里添加样本~

数据下载

最后,就是DiseaseMeth数据库的下载功能了,这个比较炫酷,数据来自TCGA、GEO和其他数据库,而且非常人性化的提供给我们下载。

对于DiseaseMeth数据库的使用,就用下面一幅图来总结吧~

芝士tip

DNA甲基化是由DNA甲基转移酶家族的酶催化的共价化学修饰,其介导将甲基(CH3)基团添加至胞嘧啶的第5个碳,DNA甲基化通常发生在被称为CpG岛的区域。大量研究表明,DNA甲基化能引起染色质结构、DNA构象、DNA稳定性及DNA与蛋白质相互作用方式的改变,从而控制基因表达。许多研究报道,许多肿瘤抑制基因在癌症预防(DNA 修复,细胞粘附,细胞周期控制和凋亡)功能中发挥关键作用,它们在致癌过程中被其启动子的甲基化沉默。

参考文献

原文发布于微信公众号 - 百味科研芝士(keyanzhishi)

原文发表时间:2019-05-19

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