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miRTissue:一款miRNA-target-protein相互关系分析的神器

microRNAs (miRNAs)是基因表达的主要调控因子,有多项研究表明其通过与靶基因的相互作用参与疾病的生理和病理过程。在癌症中,miRNAs的一个重要作用是:它们可以作为“癌基因”或“抑癌基因”发挥作用,而这种相悖的作用取决于它们结合的靶点基因和细胞环境。此外,在乳腺癌中,miRNAs被认为是有前途的分子“生物标志物”,因为它们的图谱与不同的乳腺癌亚型相关联。

所以,今天小编打算给小伙伴们分享一个miRNAs相关的网站——miRTissue,这个网站主要分析miRNA-target-protein的相互关系,它的数据来源于TCGA。好了,不多说了,直奔主页吧~

下拉页面,点击下图红色圈中的“here”。

跳转页面后,进入分析界面~ 左侧的是条件输入框。横向的是2种分析方式,包括:

>Normal/Tumor miRNA-target analysis正常组织/肿瘤组织的miRNA靶点分析

>miRNA-target-protein analysis for a specific tumor type具体肿瘤的miRNA-靶点基因-蛋白分析

接着,我们看下页面中表格的内容,也就是相互作用的类型,网站提供的所有miRNA-靶点相互作用有4类:降解,抑制,无相互作用和无相互作用*(不太确定)。每一种作用基因分别对应相应的颜色。

分析

独立情景1

具体肿瘤miRNA-基因-蛋白质相互作用分析

点击“miRNA-target-protein analysis for a specific tumor type”,比如我们分析miRNA hsa-miR-4668在乳腺癌中的miRNA-基因-蛋白质相互作用,分别在收索框1、3中选择“miRNA hsa-miR-4668”“BRCA”,2中也可以选择相关基因,如果不选则默认为网站能分析的所有基因,然后点击下方的提交。

在分析界面,则可以看到miRNA hsa-miR-4668在乳腺癌中与不同靶基因的作用的P-value和相互作用的机制。

独立情景2

两种不同肿瘤类型的miRNA-靶基因比较分析

点击“Normal/Tumor miRNA-target analysis”,比如输入我们分析miRNA hsa-let-7b在乳腺癌和肾透明细胞癌中相互作用机制的比较,组织类型选择Tumor。我们可以看到,同一miRNA-靶基因在不同癌症的作用类型之间的差异。

独立情景3

正常组织和癌组织之间的

miRNA-靶基因比较分析

点击“Normal/Tumor miRNA-target analysis”,比如输入我们分析miRNA hsa-let-7b在乳腺癌和正常组织中相互作用机制的比较,组织类型选择Normal&Tumor。我们可以看到,同一miRNA-靶基因在正常组织和癌组织中的作用类型之间的差异。

NOTE:关于收索框提示一点,可以单个输入,多个输入,而不输入则是代表网站中默认的所有内容的输入。

展望

1

miRNA在肿瘤治疗学上的展望

miRNA作为致癌基因或肿瘤抑制因子的双重作用,分别称为miRNA-mimics或AntimiRs,这取决于它们与之相互作用的靶基因(分别是抑癌基因和癌基因)的功能,前者模仿相应miRNA的功能,后者充当miRNA拮抗剂。此外,若使这些合成miRNA作为治疗剂的的一个特征是单个miRNA基因可以靶向多个mRNA的能力。这意味着单个miRNA治疗剂可以同时作用于不同的靶点基因。因此可以发现用作潜在治疗剂的miRNA分子,来多靶点治疗肿瘤。

2

癌症中的生物标志物发现

miRNA是小RNA分子,它们在生理和癌症病理条件下存在差异,因此在临床应用中具有很大潜力。不同的研究表明它们在诊断(癌症类型分类和恶性结节与良性结节的诊断)、治疗(根据靶向治疗的分子特征选择患者;放射抗性评估和监测治疗反应)和治疗后复发的早期检测可以作为marker。

3

癌症中的miRNA-蛋白质相互作用网络分析

相互作用分析已成为当前生物学研究的重点之一。蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络可以提供关于生物体中生物过程理解的大量信息,但是蛋白表达常常与基因表达有关,而miRNA在这其中也常常发挥着重要作用。由于这些原因,如果扩大这种网络分析,分析更多的蛋白表达调节因素,就能更好地了解这些分子之间更多的潜在联系,最终更好地确定疾病的分子病因及作用机制。

后台回复miRTissue,获取神器网址。

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本文分享自微信公众号 - 百味科研芝士(keyanzhishi),作者:提笔风雅

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原始发表时间:2019-05-14

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