手把手教你画漂亮的和弦图（下）

当然不能忘记弦图绘制神包—circlize

安装circlize包，安装包直接用install函数即可，安装好之后，需要加载，利用library函数即可，这里就不在重复叙述。

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数据生成

这里我们同样使用上期的数据集，如下：

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画出关系边界框

什么是边界框？我们看下面一张图就明白了。

便出现下图：

从上图我们可以看出，就是给相互关系在外层描边，将形成相互关系的强弱，描出来。画出这种描边效果的，需要增加一个link的参数。

link.lwd 控制描边的宽度

link.lty 控制描边的样式

link.border 控制描边的颜色

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选择性绘制边界框

当我们想要只给某一个对象进行展示相互作用的区域绘制边界框时，我们该怎么做呢？

首先，我们自定义一个颜色矩阵，很明显，这里我们定义了一个一行的颜色为黑色的矩阵。接着我们对矩阵进行行名和列名重命名，使得他们名字保持一致。最后，把颜色矩阵赋值到link.border参数上面去。结果如下：

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关系强度排序

针对同一个对象，其他对象与之关联的强度有高有低，如何对作用强度，进行排序呢？当然，默认情况下，是针对行名的对象进行排序，在此处便是E1-E6，即对每一个E中的对象，按照S1-S3相结合的强弱排序。这个时候是加入了link.sort和 link.decreasing 参数。

当为link.sort = TRUE, link.decreasing = TRUE，可以看到为降序排列，图中E4即是从左到右降序（强度）。

当为link.sort = TRUE, link.decreasing = F，可以看到为升序排列，图中E4即是从左到右升序（强度）。

图如下：，另外title函数为加标题。

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有向关系矩阵，添加箭头

当我们的关系网络为有向矩阵是，我们需要添加箭头。

先上代码：

图长什么样呢？

就会生成如下的结果

我们首先定义了一个arr.col的数据框：

这个数据框每一行，代表一种指向关系，比如第一行代表S1和E5之间用黑色箭头链接，但是具体的谁指向谁，则是由direction参数来确定，当direction为1时，代表，由行指向列，即从S到E，当direction为-1，代表由列指向行，即从E到S。

当direction为-1时，如下：

好了，今天关于弦图的绘制先讲到这，祝大家在R绘图的道路上越走越远~